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1954年，根据一届全国人大一次会议决定，撤销中央人民政府政务院，组建中华人民共和国国务院，中央人民政府交通部相应调整为中华人民共和国交通部。交通部设部长1人、副部长2至4人，实行部长负责制。部长领导本部门的工作，召集和主持部务会议，签署上报国务院的重要请示报告和下达的指示命令；副部长协助部长工作；具体工作由国务院第六办公室（主管交通、邮电）协助总理[[周恩来]]负责掌管。成立初期，交通部的内设机构有：办公厅、计划统计局、财务会计局、材料供应局、干部局、劳动工资局、教育局、监察局、技术局、机务局、公路总局、海河运输局、航务工程局、航道管理局、商务局、[[船舶]]登记局、港航监督局、电讯局、船厂管理局、基本建设局、[[专家]]工作室、[[法律]]室、参事室和政治部。
1958年2月27日，国务院决定[[中国民用航空局]]改为交通部部属局；3月19日，根据周恩来提议，第一届全国人大常委会第九十五次会议批准了国务院的这一决定。随后，民航局又于1960年11月17日改名为交通部中国民航总局，由[[中国人民解放军空军]]和交通部分工领导。1962年4月13日，第二届全国人大常委会第五十三次会议批准周恩来提议，将交通部所属中国民用航空总局改为国务院直属机构。1965年，交通部机关设： [[ 办公厅 ]] 、 [[ 政策研究室 ]] 、 [[ 计划统计司 ]] 、 [[ 财务会计司 ]] 、 [[ 劳动工资司 ]] 、 [[ 技术司 ]] 、 [[ 教育局 ]] 、 [[ 材料供应局 ]] 、 [[ 民间运输局 ]] 、 [[ 水运局 ]] 、 [[ 公路运输局 ]] 、 [[ 公路工程管理局 ]] 、 [[ 保卫局 ]] 、 [[ 参事室 ]] 和政治部、中监委派驻监察组。1973年5月，交通部机关设：办公室、政治部、铁路运输局、水运局、公路局、机车车辆局、工务电务局、铁路基建局、水运基建局、水运工业局、铁路工业局、计划统计局、财务局、物资局、人事局、外事局、公安局、安全监察委员会、科学技术委员会。
1969年11日，国务院决定，将 [[ 铁道部 ]] 、 [[ 交通部 ]] 和 [[ 邮电部 ]] 的邮政部分机构整合，组建新的交通部。
1975年1月，[[邓小平]]主持中央党政工作，并开始对各个领域进行整顿工作，其中就包括交通领域。1月17日，介于铁路管理复杂性，第四届全国人大第一次会议决定，将铁道部分离出交通部。1982年中国政府机构改革后，交通部统一领导和归口管理全国水路、公路交通的行政、运输生产和建设工作。1998年3月，第九届全国人大第一次会议批准国务院改革方案，将原由交通部代管的[[大连]]、[[青岛]]、天津、[[上海]]、武汉、广州海事法院划归人民法院系统统一管理，纳入国家司法体系；[[出租车]]管理职能下放到地方政府，而汽车出入境运输职责划入交通部管理。
1980年2月4日，交通部机关设：办公厅、计划统计局、财务局、基本建设局、外事局、人事局、教育局、科学技术局、公安局、水运局、公路局、安全局、港务监督局、通信导航局、行政管理局。保留工业局、物资局。1981年4月15日，国务院批准交通部增设进出口办公室。1982年7月，国务院批准交通部机关设：办公厅、 [[ 海洋运输管理局 ]] 、 [[ 内河运输管理局 ]] 、生产调度局（1987年8月更名为企业管理局）、水上安全监督局、公路局、基本建设局、计划统计局、财务会计局、劳动工资局、教育局、科学技术局、公安局、物资局、机关事务局、老干部管理局。1984年4月29日，审计署驻交通部审计局成立。
1994年2月25日，国务院办公厅发出《国务院办公厅关于印发交通部职能配置、内设机构和人员编制方案的通知》（国办发〔1994〕29号），批准交通部设13个职能司局和机关党委。
2008年3月15日，第十一届全国人民代表大会第一次会议通过《第十一届全国人民代表大会第一次会议关于国务院机构改革方案的决定》，批准《国务院机构改革方案》。方案规定：“组建交通运输部。将 [[ 中华人民共和国交通部 ]] 、 [[ 中国民用航空总局 ]] 的职责，建设部的指导城市客运职责，整合划入交通运输部。组建国家民用航空局，由交通运输部管理。国家邮政局改由交通运输部管理。保留 [[ 铁道部 ]] ，继续推进改革。不再保留交通部、中国民用航空总局。”