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1960年罗慧夫医师（Dr. M. S. Noordhoff）担任院长。1967年设置台湾第一间ICU病房（加护病房）。1969年创立“自杀防治中心”。1988年捐助设立中华民国儿童烫伤基金会。1990年成立台湾第一家安宁病房(18床)。1990年捐助设立安宁照顾基金会。1992年捐助设立中华民国早产儿基金会。1994年筹备设立马偕医学院。1994年淡水院区附设居家护理所。1996年全国首创缓和医疗门诊。1999年马偕护校改制升格为马偕护理专科学校（今马偕医护管理专科学校）。1999年9月27日设立护理之家，住民年均87岁。屡次荣获行政院卫生署特优评鉴。2000年购置新竹市南门综合医院光复院区，并筹设为新竹分院。2000年接受石门乡捐地筹划老梅分院。2000年行政院卫生署医学中心评鉴评定会通过马偕纪念医院为正式医学中心。2002年新竹分院附设居家护理所。2003年台东分院附设居家护理所。2009年马偕医学院正式招生。2009年4月2日在淡水院区马偕楼7楼设置产后护理之家。2014年3月10日法院正式裁定马偕医学院、马偕医护管理专科学校法人合并，成立“马偕学校财团法人”。2014年5月1日台东分院新建医疗大楼启用感恩礼拜，提升后山急重症医疗品质。2014年7月，发行第一本企业永续报告书《2014马偕纪念医院企业永续报告书》，是第一间获得台湾企业永续奖金奖的医疗院所。2014年12月29日马偕儿童医院揭牌仪式。2016年4月28日卫生福利部核准“财团法人台湾基督长老教会马偕纪念社会事业基金会”更名为“台湾基督长老教会马偕医疗财团法人”。