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乾隆44年（1779），澎湖海防糧補通判謝維祺因位於廳署旁的文澳城隍廟規模狹隘，非敬神之道，乃率監生郭志達新建城隍廟於媽宮今址，有碑記尚存。早 期 年 澎湖地區的廳署設在文澳， - 澎湖廳首任[[通判]]王仁遂於雍正八年（1730年）興建的[[文澳城隍廟]]<ref name=":1">{{Cite book|title=《台灣的城隍廟》|last=黃|first=柏芸|publisher=遠足文化|year=2006|isbn=9867630718|location=台北縣|pages=108|language=zh-tw}}</ref>，但文澳城隍廟緊鄰聚落中心，腹地較小，發展有限，當時便有人謂文澳城隍廟規模狹隘，不足展敬。<ref>{{Cite book|title=《澎湖廳志．規制》|last=林|first=豪|publisher=成文|year=1983|isbn=|location=台北市|pages=48-49|language=zh-tw}}</ref>

澎湖海防糧補通判[[謝維祺]]遂於乾隆四十二年（1777年）倡議另建，獲[[臺灣府知府| 台灣知府]][[蔣元樞]]鼎力支持，兩年後闢建媽宮城隍廟於今址，故形成澎湖以一邑而有兩座官祀城隍廟的情形；類似的情形在台灣亦發生於[[鳳山縣 (台灣)| 鳳山縣]]，但主因是鳳山縣先後有[[鳳山縣 舊城| 舊城]]與[[鳳山縣 新城| 新城]]建設之故。<ref name=":1" />

光緒十五 日治時期以昭和8 年 （1889 （1933）之改建規模最大，不僅抬高屋架堂皇廟構，內外雕繪亦頗可觀。 民國71 年 （1982 ） 因神殿年久失修 ， 澎湖廳署遷移至媽宮 損壞嚴重，有翻修正殿屋頂及重做彩繪油漆等。民國88年（1999）再次修護 ， 媽宮城隍 工程完竣即今日所見 廟 的官祀地位於焉鞏固 貌 。<ref>http://www.tpa.gov.tw/study/tw_study_01_3_b46.asp </ref>

{{Main|一新社}}明治卅四年（1901年），為了協助澎湖居民戒除[[鸦片|鴉片]]菸癮，由當地鄉紳籌組成的[[一新社]]成員集合在媽宮城隍廟中，祈求城隍爺襄助澎湖百姓。據聞澎境靈應侯（城隍爺）降詩曰：「鴉片煙毒害不輕，荒工廢事失經營；有心世道除民患，恩准開壇在此行」<ref name=":3">{{Cite book|title=《續修澎湖縣志．卷十二．宗教志》|last=余|first=光弘|last2=黃|first2=有興|publisher=澎湖縣政府|year=2005|isbn=9860015198|location=澎湖縣|pages=|language=zh-tw}}</ref>{{Rp|48}} ，降壇指示六則卸除鴉片的條文，並敕賜神方與甘露水、百靈丹予上癮者服用，居然靈驗異常。<ref>{{Cite book|title=《台灣的城隍廟》|last=黃|first=柏芸|publisher=遠足文化|year=2006|isbn=9867630718|location=台北縣|pages=128}}</ref>

大正十五年（1926年），媽宮城隍廟開辦鸞堂，結「宣講社」，堂號「誘善堂」，後又改名「從善堂」。<ref name=":3" />{{Rp|47}}

大正十一年（1922年）因應[[澎湖天后宮]]大整建工程，天后宮董事會特地從福建延攬一批宮廟匠師參與重修，連帶帶動起澎湖古廟整修風潮，因不少匠師因此留駐澎湖發展，後來也參與了城隍廟改建工程。<ref name=":2">{{Cite web|url=https://penghu.info/OBDC08415A79C0C1CEA6|title=黃文華|accessdate=2018-03-15|author=|date=|publisher=Penghu.Info｜澎湖知識服務平台}}</ref> 今日所見的媽宮城隍廟，風貌基礎奠定昭和八年（1933年）的改建。<ref name=":0">{{Cite book|title=《2010澎湖縣文化資產手冊》|last=陳英俊、高啟進、林文鎮、郭金龍|first=|publisher=澎湖縣文化局|year=2010|isbn=9789860262797|location=澎湖縣|pages=60-61|language=zh-tw}}</ref>

現今城隍廟為面闊五開間，縱深兩進落的[[合院]]式建築，廟面是採[[硬山式]]瓦屋面<ref name=":2">{{Cite web|url=https://penghu.info/OBDC08415A79C0C1CEA6|title=黃文華|accessdate=2018-03-15|author=|date=|publisher=Penghu.Info｜澎湖知識服務平台}}</ref> ，與後方的合院坡屋相連。當時參與媽宮城隍廟改建工程的師傅，包括石匠[[張木成]]（泉州惠安）、司職木雕和彩繪的[[黃文華]]（漳州東山島）<ref name=":2" />、鑿花匠師[[黃良 (匠師)|黃良]]（泉州）、泥水匠[[蔣銅]]<ref>{{Cite book|title=《台灣古建築圖解事典》|last=李|first=乾朗|publisher=遠流|year=2003|isbn=957324957X|location=台北市|pages=166|language=zh-tw}}</ref>（ 澎湖），皆為一時之選。三川殿、[[天井]]、四垂亭、拜殿、內殿及兩側[[护龙|護龍]]等，由大木匠師謝江、[[謝自南]]父子（澎湖後窟潭）設計<ref name=":2" /><ref>{{Cite book|title=《台灣古建築圖解事典》|last=李|first=乾朗|publisher=遠流|year=2003|isbn=957324957X|location=台北市|pages=162}}</ref> 風 ， 風 格獨樹一幟，尤其以拜殿連結正殿前緣、川亭[[抱廈]]，配置上實為兩進落，卻順利營造出三進落的意象，可謂匠心獨運。<ref>{{Cite book|title=《2010澎湖縣文化資產手冊》|last=陳英俊、高啟進、林文鎮、郭金龍|first=|publisher=澎湖縣文化局|year=2010|isbn=|location=澎湖縣|pages=61-62|language=zh-tw}}</ref>

位於馬公市仁德路[[澎湖福德祠|福德祠]]（台灣銀行澎湖分行斜對面），其土地公像在清季原本安奉於媽宮城隍廟之中，後因城隍廟增祀六司官（陰陽司、速報司、註壽司、褒善司、罰惡司、註祿司），才移祀出去。<ref name=":02">{{Cite book|url=http://ebook.aeweb.com.tw/ebook/Penghu/001/Ma015/index.html|title=《馬公市各里人文鄉土叢書．第二輯．馬公東甲：啟明里、重慶里》|last=林|first=文鎮|last2=高|first2=錦煇|publisher=馬公市公所|year=2006|isbn=9789860038316|location=澎湖縣|pages=28-29|language=zh-tw}}</ref>

* 每年農曆五月初六為媽宮境主[[媽宮城隍廟|靈應侯]]之例祭。* 澎湖地區農曆舉辦[[普渡]]時，往例由媽宮城隍廟六月初六先行開辦，繼而在[[澎湖觀音亭]]收尾，所以當地有「城隍廟放，觀音亭收」之俗諺。<ref>{{Cite web|url=https://penghu.info/OB9E861EA865DB4109E7|title=城隍廟|accessdate=2019-01-26|author=|date=|publisher=Penghu.Info｜澎湖知識服務平台|language=zh-tw}}</ref>* 根據民間[[五行|五行學說]]，城隍爺乃鎮守北方幽冥之境的鬼王，五行屬水，[[八字命学|八字]]喜用神為水者，可與之祈求用神庇佑，命格有轉上之效。<ref>{{Cite web|url=https://jason168chiu.pixnet.net/blog/post/52126644-%E5%85%AB%E5%AD%97%E5%96%9C%E7%94%A8%E4%BA%94%E8%A1%8C%E7%9A%84%E9%96%8B%E9%81%8B%E6%B3%95|title=八字喜用五行的開運法|accessdate=2019-01-27|author=太極易研舘|date=2012-04-17|publisher=|language=zh-tw}}</ref>

{{Quotation| 皇帝建元，四十有二年，祺分守澎湖。澎湖故有城隍神廟偏署之東，庳陋湫隘而囂塵。祺抵任之始，心擬捐俸改建而新之。戊戌夏，郡伯[[蔣元樞| 蔣公]]有聞焉，首捐清捧三百圓，以為之助醵金。澎人士各隨其心之願而力之稱。爰卜吉於媽宮之陽，宇重者三，高基者為奉神之殿，寬其中為整儀之庭，兩寮列舍以居香火之司。門敞其前，墻周其外，塗之、塈之、翬之、飛之。制有恢於前，飾毋侈于後；享祀允宜，妥侑畢備。噫嘻！明有禮樂，幽有鬼神，有陽以治明，即有陰以治幽。是人情固鮮克有終，實亦難慮於始。維澎湖自入版圖以來，祇以僻居海島，而於城隍神廟因陋就簡，廢焉不舉，于祀典為缺。祺也忝守斯土，不憚仔肩而經營之，刻日而成之，當亦幽明所共愜已！興事於戊戌十月，落成於己亥二月。其捐資以集事者，姓名臚具於匾以懸諸軒。| 大清乾隆四十有四年歲次己亥十月吉旦 通判臺灣府澎湖事會稽謝維祺立 督視工程海澄縣監生郭志達}}。