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研究发现，孔雀石绿进入[[水生动物]]体内后，会快速代谢成脂溶性的无色孔雀石绿。孔雀石绿具有潜在的致癌、致畸、致突变的作用 <ref>[https://www.sohu.com/a/166658875_99946183 理性看待孔雀石绿！危害究竟有多大？]，搜狐，2017-08-23  </ref> ，其在养殖业中的使用未得到美国食品与药物管理局( FDA ) 的认可；根据欧盟法案2002 /675 /EC的规定，动物源性[[食品]]中孔雀石绿和无色孔雀石绿残留总量限制为2μg/kg；日本的肯定列表也明确规定在进口水产品中不得检出孔雀石绿残留；我国在农业行业标准《NY5071- 2002无公害食品鱼药使用准则》中也将孔雀石绿列为禁用药物。由于没有低廉有效的替代品，孔雀石绿在水产养殖中的使用屡禁不止。