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1924年6月16日，黄埔军校举行开学典礼，[[孙中山]]亲自出席主持并发表演说，邓演达等也出席了开学典礼。8月[[蒋介石]]任用亲信[[王柏龄]]等，坚持革命立场的邓演达受排斥，无法开展工作，乃决定离开军校到上海，准备到德国留学深造。同年12月2日在上海写信给[[张难先]]，表明自己离开黄埔军校到德国留学是由于蒋介石结党营私，排斥异己所致。

1926年8月27日至30日，北伐军先后攻克汀泗桥与贺胜桥，直指武汉。这期间，邓演达经常带有关工作人员在前线参与军事指挥工作。9月1日北伐军向武昌城展开进攻未克。邓演达亲临前线，参与攻城司令部的军事指挥工作。9月3日北伐军继续组织攻打武昌城。邓参加督战，但因敌人设防坚固，仍未能攻克。

1927年（32岁）1月1日，国民党湖北第4次代表大会举行，一致推举邓演达为大会主席团主席，并为此致电邓演达，要求他早日到会“指挥一切”。

1月4日从[[武汉]]抵[[南昌]]，指责蒋介石截留途经南昌之国民党中央委员和国民政府委员的行为，但不为蒋所接受。1月7日以总政治部主任名义先后任命了一批各军，师的政治工作人员。上旬国民党中央政治会议决定在武汉设政治会议分会，以“应付日前政治形势”。分会指定[[宋庆龄]]、邓演达、[[董必武]]、[[陈友仁]]、[[孙科]]、[[宋子文]]、陈铭枢、唐生智等13人为委员。

1927年6月30日，出席国民党中央执委委会政治委员会第33次会议后，发表了《[[告别中国国民党同志们]]》的告别书，谴责汪精卫与蒋介石同流合污、背叛革命的行径，表示自己“一面准备着争斗，一面准备着如果我们的中央确固了革命纲领”，自己就“受中央的命令立即回来工作”。

1927年7月8日，在《汉口民国日报》发表《我们现在又注意什么呢？》一文，文章指出有人一面唱革命，一面又惊骇社会的变动，否认工农革命运动，这是欺骗群众，是假革命。文章还着重指出当前中国革命已到了一个生死关头，有可能断送在“一民主义”或“半民主义”的蒋介石、[[戴季陶]]及其同类等叛徒手上。