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變性性脊髓病是可破壞GSD的最嚴重的疾病之一。這種神經系統疾病與人類多發性硬化症相似，會導致狗後肢緩慢蠕動的麻痺。這是無法治癒的，最終這隻狗將無法自己移動。仔細觀察您的狗是否逐漸而不是突然出現疼痛和不適的跡象，並每月至少檢查一次指甲，以觀察是否有磨損不均的跡象。雖然狗中的DM是無法治癒的，但可以通過治療減緩疾病的進程。對這種情況進行過家畜測試的育種者可能是最認真的育種者之一，因此請提交佛羅里達大學或密蘇里大學進行的基於DNA的DM Flash測試結果OFA。
像許多大型犬一樣，德國牧羊犬會患有多種心 髒 臟 病，包括雜音，瓣膜疾病和心臟擴大。每年進行一次心臟檢查對於及早發現這些疾病至關重要，因為其中許多疾病對治療反應良好。
癲癇病，視力問題，出血性疾病，免疫介導的疾病，血管肉瘤，消化系統疾病（包括外分泌胰腺功能不全）–所有這些情況在德國牧羊犬中相對普遍。<ref name="vetstreet"/>