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1987年之前，陳教授力行體制內的改革，任職於內政部營署墾丁及玉山國家公園解說及保育研究課課長，奠定公務機關在生態保育研究與解說教育的基礎。解嚴以後，台灣社會風起雲湧，陳教授也進入社會運動時期，不單在學術殿堂培養人才，也發動台灣森林運動、生態保育等全方位議題之關懷，力道猛烈，無所不包，自然寫作及生態攝影尤負盛名。於1991年創設「 [[ 台灣生態研究中心 ]] 」；接著深耕校園，在1998～2003年籌設靜宜大學「生態學研究所暨生態學系」，並捐獻、募款三千萬元興建生態館；民間組織也不遺餘力，於2003年創辦「台灣生態學會」，同年，獲得總統文化獎「鳳蝶獎」。2006年，陳教授卸下靜宜大學副校長的重職，辭教職，辭去一手創立的生態學系。2007年9月，對外表明淡出社會，退隱山林，斷絕一切俗務，閉關自潛。2009-09-09，2年4個月不曾現身，在八八水災(2009)一個月後，於嘉義市玉山旅社開講。講題：凡來自土地的 請回敬土地。