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 1993年1月3日，国务院三峡工程建设委员会成立，它是三峡工程的最高决策机构， [[ 李鹏 ]] 出任委员会主任。 

 1993年9月27日， [[ 中国长江三峡工程开发总公司 ]] 成立，它是三峡工程的业主单位。 1994年3月18日， [[ 葛洲坝水电站 ]] 划归三峡总公司，其利润成为三峡建设资金。 

 1996年8月10日， [[ 西陵长江公路大桥 ]] 建成通车，该桥位于三峡大坝下游4.5千米处。 1997年3月14日，第八届全国人民代表大会第五次会议通过恢复设立 [[ 重庆 ]] 直辖市的议案，该市在1952年重庆直辖市的建制下并入了属于三峡库区的地级 [[ 万县市 ]] 和 [[ 涪陵市 ]] ，承担了整个三峡工程85%的移民人数。 1997年6月24日， [[ 左岸电 厂14 厂]]14 台机组开标。 

 2000年7月17日，重庆 [[ 云阳 县150 县]]150 户居民集体搬迁至 [[ 上海 ]][[ 崇明县 ]] ，这是三峡库区首批外迁的移民。 

 2002年11月4日， [[ 中国长江电力股份有限公司 ]] 正式成立。 

 2003年5月5日，三峡至 [[ 华东电网 ]] 的输电线路开始运行，起讫点从 [[ 湖北 ]][[ 宜昌 ]] 至 [[ 江苏 ]][[ 常州 ]] 。 

 2003年7月10日，左岸2号机组投产发电，是 [[ 三峡水电站 ]] 第一台发电的机组，同时是三峡水电站左岸电厂第一台发电的机组。 

 2003年11月18日，中国长江电力股份有限公司在 [[ 上海证券交易所 ]] 挂牌上市，其募集资金用于收购三峡机组。 

 2003年12月2日，三峡至 [[ 南方电网 ]] 的输电线路开始运行，起讫点从湖北宜昌至 [[ 广东 ]][[ 惠州 ]] 。 

 2005年1月18日， [[ 三峡地下电站 ]] 和 [[ 电源电站 ]] 被国家环境保护总局勒令停工，在补办完各项环保手续后，于三个月后复工。 

 2008年10月29日，右岸15号机组投产发电，是三峡水电站 [[ 右岸电厂 ]] 最后一台发电的机组。至此，三峡水电站26台机组全部投产发电。 

 2009年9月15日，利用秋汛涨水过程，2009年9月15日零点实验性蓄水启动，计划首次蓄至175米最终水位。此后，工程防洪、发电、补水、航运等综合效应将全面发挥 。 

 2011年5月18日，国务院总理 [[ 温家宝 ]] 主持国务院常务会议，讨论通过《三峡后续工作规划》和《长江中下游流域水污染防治规划》。会议认为三峡工程初步设计建设任务如期完成，防洪、发电、航运、水资源利用等综合效益开始全面发挥。同时指出，三峡工程在发挥巨大综合效益的同时，在移民安稳致富、生态环境保护、地质灾害防治等方面还存在一些亟需解决的问题，对长江中下游航运、灌溉、供水等也产生了一定影响。指出这些问题有的在论证设计中已经预见但需要在运行后加以解决，有的在工程建设期已经认识到但受当时条件限制难以有效解决，有的是随着经济社会发展而出现的。