1926年，国民革命军攻克了[[湖南]]、[[湖北]]、[[江西]]和[[福建]]的主要城市，于是广州国民政府联席会在11月决议将国民政府北迁[[武汉]]，即为国民政府。然此时的国民政府受到苏联以及共产党所影响，引发国民党右派对于左派亲共的不满。1927年，北伐军攻克了[[上海]]与[[南京]]，[[蒋介石]]于3月抵达上海后，决定实行“清党”，并于4月18日成立南京国民政府。在成立大会上﹐发布了中国国民党中央政治会议关于奠都南京的宣言以及《国民政府宣言》 ﹐ ， 提出国民革命方略四条﹕密切革命军与人民的配合﹔造成廉洁政府﹔提倡保护国内实业﹔保障农工团体利益并扶助其发展<ref>[http://www.todayonhistory.com/4/18/JiangJieShiJianLiNanJingGuoMinZhengFu.html 蒋介石建立南京国民政府]，历史上的今天，[[李斯]]，2012-07-10</ref>。南京国民政府采取委员制﹐由蒋介石﹑[[胡汉民]]﹑[[张静江]]﹑[[吴稚晖]]等十二人为政府委员﹐胡汉民为政府主席﹐蒋介石为国民革命军总司令﹐[[吴稚晖]]为总司令部政治部主任。政府各部门设有﹕秘书长（[[钮永建]]）﹐财政部长（[[古应芬]]﹐[[钱新之]]代）﹐外交部长（[[伍朝枢]]）﹐民政部长（[[薛笃弼]]） ﹐ ， 司法部长（[[王宠惠]]） ﹐ ， 大学院院长（[[蔡元培]]）。政府辖区包括[[江苏]]﹑[[浙江]]﹑[[安徽]](一部）﹑[[福建]]﹑[[上海]]﹑[[南京]]﹑[[广东]]﹑[[广西]]等。也开始形成宁汉分裂之局面；直到8月武汉的国民党与国民政府执行分共清党，以及蒋介石在汪精卫的要求下辞去总司令之后，才宣布合作。

1928年2月3日至7日 ﹐，[[中国国民党]]二届四中全会在南京召开 ﹐ ， 会议通过了“改组国民政府”等议案。规定国民政府接受中国国民党中央执行委员会指导﹑监督﹐掌理全国政务 ﹐ ， 政府委员由国民党中央委员会选举﹐政府部门设有内政﹑外交﹑财政﹑交通﹑司法﹑农矿﹑工商等部以及军事委员会﹑最高法院﹑监察院﹑大学院等。会议推举[[谭延闿]]为国民政府主席 ﹐ ， 蒋介石为军事委员会主席兼国民革命军总司令。同年9月﹐国民党二届五中全会在南京召开 ﹐ ， 宣称全国进入训政时期 ﹐ ， 由国民政府执行训政职责 ﹐ ， 并决定以五院制组成国民政府。同年10月 ﹐ ， 南京国民政府公布《中华民国国民政府组织法》 ﹐ ， 规定国民政府总揽中华民国之治权 ﹐ ， 政府由行政院﹑立法院﹑司法院﹑考试院﹑监察院组成 ﹐ ， 设主席一人﹐委员十至十二人 ﹐ ， 国民政府主席兼任陆海空军总司令。同时 ﹐ ， 任命蒋介石为国民政府主席兼陆海空军总司令。至此 ﹐，[[南京国民政府]]的政权组织形式渐趋完备。