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'''二仁溪'''位於[[台灣]]西南部，屬於[[中央管河川]]，舊名為'''二層行溪'''，取自中下游聚落名。亦為[[高雄市]]與[[臺南市|台南市]]之間的界河，源於高雄市內門區木柵里山豬湖（海拔460公尺），主流長度約63.20公里 。 經黃魏慶先生踏查證實二仁溪源頭非山豬湖，並已找到「最高的出水口」為證。山豬湖只是一個地名，研判應該是跟「畚箕湖」的意思 是 相同，其現地是一片果園，但不論其是否「曾是一個湖」，其位處分水嶺的東坡，屬楠梓仙溪流域中溝坪溪水系，水流無法流向二仁溪。其附近水塘為「山尾埤」，位處稜線上，但其溢水口亦注入溝坪溪水系。

二層行溪在早期十分清澈，因當時製糖繁榮聚落[[二層行]]而得名。[[台灣日治時期|日治時期]]興建之車路墘糖廠（現[[仁德糖廠]]，已停工，糖廠大煙囪和廠房等設備尚存，目前是「十鼓文化園區」）之廠址，亦在其支流三爺宮溪畔。1960年[[臺灣省政府]]整理全臺河川名稱，取流經臺南縣[[仁德區|仁德鄉]]、[[歸仁區|歸仁鄉]]（今臺南市仁德區及歸仁區）之典故，易名二仁溪<ref>臺灣省政府公告(49)10.8府建水字第七四九五六號{{cite web |url=http://subtpg.tpg.gov.tw/og/image2.asp?f=04904BIB00060L0CB |title=存档副本 |accessdate=2011-08-19 |deadurl=yes |archiveurl=https://web.archive.org/web/20150612014248/http://subtpg.tpg.gov.tw/og/image2.asp?f=04904BIB00060L0CB |archivedate=2015-06-12 }}</ref> 。

2001年6月28日，[[郝龍斌]]時任[[環保署長]]，於台南召開記者會，明確下達指示動員各相關單位，該年6月底前，要完成[[台南縣]]、市強制拆除二仁溪沿岸違法熔煉廠的任務<ref>[http://enews.epa.gov.tw/enews/Newsdetail.asp?InputTime=0900628162956&MsgTypeName=%B7s%BBD%BDZ 環保工作新模式 環保署與台南縣市同步拆除二仁溪流域違法熔煉廠] {{dead link|date=2018年5月 |bot=InternetArchiveBot |fix-attempted=yes }}</ref> 。  整起行動總共動員700名警力強制拆除位於[[臺南市]]二仁溪流域的熔煉業，在臺南市共計拆 除57家的非法工廠，在拆除行動結束後，臺南市環保局持續配合嚴密監控與稽查，防止熔煉業者死灰復燃。隨著政府實際作為，三十年來的空氣污染終於得到舒緩，二仁溪下游污染也大幅削減，進一步改善二仁溪河川水質，生態亦隨之日趨豐富<ref>[http://rivereco.epa.gov.tw/p1-1-background2.asp 二仁溪整治生態效益網站] {{webarchive|url=https://web.archive.org/web/20170105182038/http://rivereco.epa.gov.tw/p1-1-background2.asp |date=2017-01-05 }}</ref><ref> {{cite news | author = 吳振福、李鋅銅、周宗禎、郭先盛 | title = 整治二仁溪 環署大動作57家違章熔煉廠 一天內拆光 | date = 2001-06-30 | publisher= 聯合報 | work=【2001-06-30/聯合報/3版/焦點】}}</ref><ref> {{cite news | author = 郭先盛 | title = 整治二仁溪、人工濕地有成果 | date =2001-12-24 | publisher= 聯合報 | work=【2001-12-24/聯合報/17版/省市新聞】}}</ref><ref> {{cite news | author = 朱淑娟 | title = 民國90年郝龍斌率數百員警拆沿岸鎔鍊廠 轟動一時 |date = 2005-03-11 | publisher= 聯合報 | work=【2005-03-11/聯合報/A5版/話題】}}</ref>。