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秀姑巒溪本身發源於[[花蓮縣|花蓮]]與[[臺東縣|台東]]兩縣之間的[[崙天山]]南側，但整個[[水系]]的最遠源流則為其最長支流[[樂樂溪]] (拉庫拉庫溪) 的支流[[馬霍拉斯溪]]，發源於中央山脈的[[馬博拉斯山]]東側<ref name="河源"> 。 樂樂溪上游有馬霍拉斯溪、米亞桑溪、塔達芬溪、闊闊斯溪等支流，一般認為樂樂溪本身起點為米亞桑溪、塔達芬溪合流處，其中較長的源流米亞桑溪發源於中央山脈秀姑巒山東側，但那裡並非整個水系的最遠源頭。另外依據經濟部水利署《網際水利地理資訊系統》電子地圖，米亞桑溪與塔達芬溪合流後仍舊稱為米亞桑溪，往東流至與闊闊斯溪會合處，始稱為樂樂溪，其中較長的源流闊闊斯溪發源於中央山脈三叉山、雲峰東峰、南雙頭山一帶，但那裡也不是整個水系的最遠源頭</ref> 。秀姑巒溪上游原為向東流，因受阻於[[海岸山脈]]，轉而沿花東縱谷向北流，匯集各支流後在[[瑞穗鄉]]往東，經過海岸山脈後，進入[[太平洋]]，是台灣唯一一條切過海岸山脈的溪流。

潄玉奇石是[[石灰岩]]，由堆積在海上的生物碎屑、化石、珊瑚礁所組成，過去這個區域也是海水溫度較為溫暖的火山島弧地區，受到板塊擠壓和地殼變動，這些火山島和珊瑚礁被抬升出水面，形成形狀各異的巨石景觀<ref name="玉石">台灣的河川 林孟龍/著 ISBN 978-957-30493-8-8 2002年4月出版</ref> 。

秀姑巒溪在1981年左右開始發展[[泛舟]]活動，目前依然是台灣泛舟最興盛的區域。多數泛舟行程自[[瑞穗大橋]]起，到長虹橋為終點，時間約3到4小時，中間在奇美設有休息點。由於泛舟河段位於秀姑巒溪下游，水量充沛，而且無人為污染，水質良好，河道地形陡竣，平均坡度達1/34，為全台河川最陡者，沿途有無數激流、漩渦與險灘，全程充滿挑戰與刺激感，故全年皆為泛舟季節<ref name="張炎銘">{{cite book|author=張炎銘|title=遊大河聽故事 |year=2013 |publisher=科技圖書 |location=臺北市 |pages=191 |isbn=978-957-655-517-6 }}</ref> 。

約在十數萬年前，位於[[海岸山脈]]東側由西向東流的古秀姑巒溪向源侵蝕切開海岸山脈在[[瑞穗鄉|瑞穗]]襲奪位於[[花東縱谷]]由南向北流的古[[花蓮溪]]上游<ref>網頁：陳順天，《[http://content.edu.tw/primary/country/tc_ua/n007/stone/data/67.html 河川襲奪-秀姑巒溪襲奪花蓮溪]》，[[台中縣]][[永安國小]]{{cite web |url=http://www.yaes.tcc.edu.tw/ |title=存档副本 |accessdate=2007-02-13 |deadurl=yes |archiveurl=https://web.archive.org/web/20061128045930/http://www.yaes.tcc.edu.tw/ |archivedate=2006-11-28 }}，《[http://content.edu.tw/primary/country/tc_ua/n007/ 臺灣的地質地形景觀] {{webarchive|url=https://web.archive.org/web/20070929111045/http://content.edu.tw/primary/country/tc_ua/n007/ |date=2007-09-29 }}》，1998.5.30</ref>。古花蓮溪原本河道在[[花東縱谷]]南端，[[海岸山脈]]東側只有一條小溪流奇美溪，後來在[[板塊運動]]中，海岸山脈被持續抬升，使得奇美溪流速變快，發生[[向源侵蝕]]的現象，最後奇美溪在[[瑞穗]]附近切穿海岸山脈，和古花蓮溪相連，形成[[河川襲奪]]現象，而瑞穗以南古花蓮溪河段則形成斷頭河<ref>{{cite web|language=zh-tw|url=http://nrch.cca.gov.tw/twpedia.php?id=1499|title=花蓮溪|author=[[王鑫]]|publisher=文化部國家文化資料庫|date=2009-09-24|accessdate=2015-08-18}}{{dead link|date=2018年1月 |bot=InternetArchiveBot |fix-attempted=yes }}</ref>。秀姑巒溪下-{游}-河道因流量增加，侵蝕海岸山脈，切割成壯麗的[[峽谷]] 。 == 地理環境 ==秀姑巒溪流域河谷平原位在[[花東縱谷]]之中段，北起[[花蓮溪]]分水嶺大富、大豐附近，南迄[[卑南溪]]之分水嶺的大坡、[[池上]]<ref name="地下水觀測網">{{cite web|language=zh-tw|url=http://pc183.hy.ntu.edu.tw/gwater/d9.php|title=地理環境概述|author=|publisher=地下水觀測網|date=|accessdate=2015-09-11}}</ref> ，行政轄區包括[[瑞穗鄉]]、[[玉里鎮]]及[[富里鄉]]等鄉鎮。秀姑巒溪流域河谷平原主要為沖積層及[[沖積扇]]堆積所構成，匯合清水、[[卓溪]]、它皮蘭、[[紅葉溪]]、[[富源溪 (花蓮縣)|富源溪]]等支流，貫穿縱谷中段，由瑞穗東迴而循[[海岸山脈]]橫谷入海，主要的沖積扇有富源沖積扇、紅葉沖積扇、豐坪溪沖積扇、樂樂溪沖積扇、崙天溪沖積扇等<ref name="地下水觀測網"/> 。富源沖積扇由[[富源溪 (花蓮縣)|富源溪]]沖積而成，發育不佳，以北扇為主，南扇不發育，而呈左右不對稱之偏形沖積扇，扇徑約3.8公里，扇頂高度240公尺，扇端高度約140至160公尺。紅葉沖積扇由[[紅葉溪]]沖積而成，扇徑5公里，扇頂高度180公尺，扇端高度80公尺，扇面北半部完整，南半段被[[舞鶴台地]]所阻發育不完整<ref name=" 地下水觀測 網"/> 。豐坪溪沖積扇為[[豐坪溪]]河口所形成之沖積扇，規模較小，扇徑約1.5公里，扇頂高度110公尺，扇端高度95公尺，扇面坡度甚平緩，幾近平坦<ref name=" 地下水觀測網"/> 。樂樂溪沖積扇為一大型之人肩形沖積扇，北扇大而南扇較小，其平均扇徑約6公里，扇頂高度165公尺，扇端逼近[[海岸山脈]]西麓<ref name="地下水觀測網"/>。[[崙天溪]]沖積扇扇徑約2公里，扇頂高度260公尺，扇端高度180~200公尺；扇面亦北大南小，呈一偏形沖積扇<ref name="地下水觀測網"/> 。 {| class="wikitable sortable"|+ 秀姑巒溪主要支流<ref>{{cite web|language=zh-tw|url=http://www.wra09.gov.tw/ct.asp?xItem=44565&ctNode=30695&mp=09|title=秀姑巒溪流域|author=|publisher=水利署第九河川局|date=2015-08-18|accessdate=2015-08-18|deadurl=yes|archiveurl=https://web.archive.org/web/20160305075249/http://www.wra09.gov.tw/ct.asp?xItem=44565&ctNode=30695&mp=09|archivedate=2016-03-05}}</ref>|-! 支流 !! 長度（km） !! 流域面積（km²） !! 平均坡度 !! 計畫洪水量（CMS）!! 流經地區|-| [[富源溪 (花蓮縣)|富源溪]] || 28 || 186.9 || 1：114 || 2,540 || [[瑞穗鄉]]、[[萬榮鄉]]|-| [[紅葉溪]] || 16.7 || 65.30 || 1：57 || 2,920 || [[瑞穗鄉]]、[[萬榮鄉]]、[[卓溪鄉]]|-| [[豐坪溪]] || 37 || 286.80 || 1：155 || 3,930 || [[玉里鎮]]、[[卓溪鄉]]|-| [[樂樂溪]] || 53.76 || 628.40 || 1：122 || 8,720 || [[玉里鎮]]、[[卓溪鄉]]|-|}

[[File:Xiuguluan river 2.jpg|thumb|250px| 秀姑巒溪出海口有座孤立的[[奚卜蘭島]]。]]