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乾隆三年四月，改任吏部尚書，照原兼管刑部事務。九月，直隸總督李衛彈劾總河[[朱藻]]貪婪卑劣耽誤工程，朝廷派孫嘉淦與尚書星訥親身前去審理，查明實情，依照法律治罪。十月，孫嘉淦被任命為直隸總督。當時京輔一帶，酒禁甚嚴，儘管如此，違法的人還是很多。但是，地方官吏都不敢向上報告。孫嘉淦上任後，根據實情，上疏提出：“禁酒原在災年，現處豐年，不宜再禁。造酒之物，本非朝夕所食，豆皮、大麥、穀糠、黍谷之類，原屬棄物，雜而成酒，可以得價，其糟可飼六畜。化無用為有用，非作無益害有益也。”他又進一步指出：“利所不在，雖賞不為。利之所在，雖禁彌甚。燒鍋禁則酒必少，酒少則價必貴，價貴而私燒之利會倍於昔。會倍之利所在，民必性命爭焉。孟子曰：'君子不以所養人者害人'，本為民生計，而滋擾乃至此，則立法不可不慎也。”乾隆接到孫嘉淦這份邏輯性強、論證嚴密的上疏，認為他的建議對民生確為有利，決定對禁令作修改，使酒禁較前有所放鬆。

以後，他又致力於治理永定河、子牙河、南北運河。先後任湖廣總督、福建總督、左副都御史、工部尚書、翰林院掌院學士。

<ref>[http://www.gerenjianli.com/Mingren/03/bsepo27r3or30dl.html 名人簡歷>孫嘉淦]</ref>

=嘉淦居官為八約==