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乾隆三年四月，改任吏部尚書，照原兼管刑部事務。九月，直隸總督李衛彈劾總河 [[ 朱藻 ]] 貪婪卑劣耽誤工程，朝廷派孫嘉淦與尚書星訥親身前去審理，查明實情，依照法律治罪。十月，孫嘉淦被任命為直隸總督。當時京輔一帶，酒禁甚嚴，儘管如此，違法的人還是很多。但是，地方官吏都不敢向上報告。孫嘉淦上任後，根據實情，上疏提出：“禁酒原在災年，現處豐年，不宜再禁。造酒之物，本非朝夕所食，豆皮、大麥、穀糠、黍谷之類，原屬棄物，雜而成酒，可以得價，其糟可飼六畜。化無用為有用，非作無益害有益也。”他又進一步指出：“利所不在，雖賞不為。利之所在，雖禁彌甚。燒鍋禁則酒必少，酒少則價必貴，價貴而私燒之利會倍於昔。會倍之利所在，民必性命爭焉。孟子曰：'君子不以所養人者害人'，本為民生計，而滋擾乃至此，則立法不可不慎也。”乾隆接到孫嘉淦這份邏輯性強、論證嚴密的上疏，認為他的建議對民生確為有利，決定對禁令作修改，使酒禁較前有所放鬆。

嘉淦居官為八約，曰：“事君篤而不顯與人共而不驕勢避其所爭功藏於無名事止於能去言刪其無用以守獨避人以清費廉取。”用以自戒。既以直諫有聲，乾隆初，疏匡主德，尤為時所慕。四年，京師市井傳嘉淦疏稿論劾大學士 [[ 鄂爾泰 ]] 、 [[ 張廷玉 ]] 等，高宗諭步軍統領、巡城御史嚴禁。十六年，或又傳嘉淦疏稿斥言上失德有五不可解、十大過，雲貴總督碩色以聞。命求所從來，遣使者督讞。轉相連染，歷六省，更三歲，乃坐江西衛千總 [[ 盧魯生 ]] 偽為，罪至死。高宗知無與嘉淦事，眷不替，嘉淦益自抑。嘗著書述《春秋》義，自以為不足，毀之。