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由於在20世紀30年代美國發生大蕭條後，他開始對共產主義理論感興趣。1937年他父親去世為他留下30萬美元的遺產，他用來資助 [[ 西班牙 ]] 內戰中反法西斯的國際縱隊，並資助了美國的一些左翼活動。美國參議員[[麥卡]]錫（Joseph McCarthy）指控政府官員中有多位共產黨員，許多人因此下台，甚至被迫害致死。奧本海默也被盯上，被指控為與共產黨人合作，包庇蘇聯間諜，反對製造氫彈等。1953年12月，[[艾森豪威爾]] “以他早年的左傾活動和延誤政府發展氫彈的戰略決策為罪狀起訴，甚至懷疑他為蘇聯的代理人”對奧本海默進行安全審查並吊銷其安全特許權。1954年4月12日至5月6日長達四周的安全聽證會。這就是轟動一時的“奧本海默案件” 。==获得平反==被解职后，奥本海默来到美国普林斯顿高等研究院（IAS）工作并担任所长（1947年-1966年）。[[美国科学家联合会]]对他的审查进行抗议，认为他是[[麦卡锡主义]]的牺牲品。肯尼迪担任总统後，建议以为他颁发“费米奖”的方式平反。他决定将1963年度美国原子能方面的最高奖——费米奖授予奥本海默，并准备亲自出席仪式。不幸的是，他在仪式的前10天，也就是于1963年11月23日在得克萨斯州达拉斯市遇刺。肯尼迪遇刺后，他的继任约翰逊于同年为奥本海默颁发了费米奖（Fermi Award）和5万美元的奖金，但只是形式上的恢复名誉，仍然不允许他介入军事秘密。在授奖仪式上，当奥本海默走向主席台时，由于年老体弱，打了一个趔趄，约翰逊总统见状，赶忙伸手去扶他，奥本海默推开他的手，说道：“总统先生，当一个人行将衰老时，你去扶他是没有用处的，只有那些年轻人才需要你去扶持。”他最后在答谢时对约翰逊总统说：“我想，今天的仪式是需要您的胆量和宽容的，我觉得这是我们光明前景的预兆。”==晚年生活==1965年，奥本海默患了[[肝炎]]，身体不佳。他于1966年退休，1967年2月18日在普林斯顿死于喉癌，许多科学家参加他的葬礼，遵照他的遗嘱，将他火化，骨灰撒到维尔京群岛 。