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学会下设3个专业委员会、32个专业分会及13个工作委员会：光生物物理专业委员会、生物力学与生物流变学专业委员会、现代生物物理技术与方法专业委员会；分子生物物理分会、膜生物学分会、自由基生物学 <ref>[https://www.sohu.com/a/291903186_99953629 生物学专业到底学什么？毕业后能干什么？] ，搜狐，2019-01-28 </ref> 与自由基医学分会、环境与辐射生物物理分会、代谢生物学分会、冷冻电子显微学分会、单分子生物学分会、临床分子诊断分会、听觉、言语和交流研究分会、临床罕见代谢病分会、衰老生物学分会、纳米生物学分会、生物磁共振分会、代谢组学分会、生物微量元素分会、体育医学分会、神经生物物理分会、表型组学分会、低氧与健康科学分会、纳米酶分会、生物大分子相分离与相变分会、运动科学分会、材料生物学与智能诊疗技术分会、太赫兹生物物理分会、糖生物学分会、肠道菌群分会、线粒体生物学分会、生物医学信息分会、分子影像学分会、感染与免疫分会、单细胞多组学分会、亚细胞结构与功能分会；科普教育工作委员会、青年工作委员会、名词审定工作委员会、女科学家分会、国际事务工作委员会、奖励工作委员会、继续教育工作委员会、学术工作委员会、学会发展与规划工作委员会、组织建设工作委员会、会员工作委员会、宣传与推广工作委员会、中学生物学教学分会。

中国生物物理学会重视学科发展，努力打造特色鲜明的学术期刊品牌，学会参与主办3本学术期刊 <ref>[https://www.sohu.com/a/209775524_333993 学术期刊的几种分类方式]，搜狐，2017-12-11 </ref> ：与中国科学院生物物理研究所共同主办的《生物物理学报（英文版）》（Biophysics Reports）（主编：徐涛院士），《生物化学与生物物理进展》（主编：赫荣乔），与高等教育出版社共同主办的英文期刊《蛋白质与细胞》（Protein & Cell）（主编：饶子和院士）。