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1849年出生於英國格拉斯哥，出身教會家庭，父親經商，同時也在教會擔任長老；1865年，巴克禮立誓奉獻傳教事業，像愛丁堡海外佈道委員會申請至中國傳教；在1869年進入蘇格蘭自由教會神學院就讀，畢業後赴[[德國]][[萊比錫大學]]一年；在1874年12月抵達[[廈門]]開始學習[[閩南語]]，1875年6月來[[台灣]]，成為英國長老教會第5位來台的[[牧師]]，並向[[高雄]]的[[李庥]]（Hugh Ritchie）學習傳教，1876年他從高雄轉移到[[台南]]傳教，並於[[1877年]]將高雄和台南兩所傳教所合併為一；[[1880年]]創立台南神學校（今[[台南神學院]]前身），共收15名學生，巴克禮擔任校長；1881年他利用回英度假時，到當地印刷廠學習印刷術，1884年回台蓋了新的印刷廠，稱為聚珍 唐 堂 ，俗稱新樓書房；1885年他正式發行《台灣府城教會報》，以羅馬拼音閩南語<ref> {{Cite book | author = 莊永明 | title = 正港台灣人| publisher = 遠流 | date = 2000 | pages = 39-40}} </ref>。同年7月發生二崙事件，在二崙的庄民對信徒建教堂群起攻擊，巴克禮受派赴二崙解決，在聚會時數十名青年包圍教堂侮辱信徒，並以糞便潑得巴克禮全身他卻溫和的對暴徒說：「朋友，你們這樣做太可惜，把它用在田裡稻子會長得更好。<ref name="蘇>{{Cite web |url = http://www.laijohn.com/archives/pm/Barclay,T/brief/Sou,Bkhoe.htm | title = 埋骨異鄉兩地的巴克禮牧師夫婦 | author = 蘇文魁 | publisher = 賴永祥長老史料庫}}</ref>」