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豆科的大多數成員都含有大量的異黃酮。對各種物種的含量分析發現，補骨脂（Psoralea corylifolia）中金雀異黃素和黃豆苷元的含量最高。各種豆類包括大豆（Glycine max L.）、綠豆（Phaseolus vulgaris L.）、苜蓿芽（Medicago sativa L.）、 [[ 綠豆 ]] 芽（Vigna radiata L.）、豇豆（Vigna unguiculata L.）、 [[ 葛根 ]] （葛根L.)、紅三葉草花和紅三葉草 ( Trifolium pratense L.) 的雌激素活性已被研究。由豆類製成的高度加工食品，如豆腐，保留了大部分異黃酮含量，而發酵味噌則增加了含量。豆漿的異黃酮含量比醬油高得多，但發酵大豆的含量要高得多，其中豆豉的異黃酮含量最高。其他膳食來源包括鷹嘴豆( biochanin A )、 [[ 紫花苜蓿]]( formononetin ) 和 [[ 花生]]( genistein )。

黃豆食品是大豆異黃酮的主要食物來源，也是亞洲人包括中國人及日本人的傳統飲食中不可或缺的，然而直到20世紀，在美國黃豆仍然主要作為牲畜的 [[ 飼料 ]] 之一。大豆異黃酮的食物來源，最重要的就是黃豆及其製品，如豆漿、豆腐、豆干、豆粉、素肉、納豆、味噌等，此外毛豆、山藥、甜豆、豌豆、四季豆、 [[ 地瓜 ]] 、 [[ 花椰菜 ]] 、芹菜及菇蕈類（如：香菇、木耳）也都含有，但份量遠低於黃豆，其餘食物則含量很少或甚至沒有。

異黃酮也存在於動物源性食品中，例如奶製品、 [[ 肉類 ]] 、雞蛋和海鮮，但對總攝入量的總體貢獻很低。在使用喬利伍德麵包工藝的國家，例如在英國，麵包是大豆異黃酮的來源。

大豆異黃酮普遍應用於改善女性荷爾蒙的相關症狀，如更年期後體內荷爾蒙改變，所引起的熱潮紅、 [[ 盜汗 ]] 、 [[ 心悸 ]] 等不適症狀，臨床上採用荷爾蒙補充療法雖可幫助減輕更年期症狀，也可能會提高乳癌、子宮內膜癌發生的機率。

大豆異黃酮對骨質疏鬆也有幫助，大豆異黃酮可協助體內鈣質保留以預防骨質疏鬆，在義大利的研究證實，大豆異黃酮可減少骨質流失，並且明顯增加骨質生成作用。根據日本的研究指出：每人每天應攝取的異黃酮量為40~80毫克即可維護[[骨密度|骨質密度]]。另外 [[ 動物 ]] 試驗也發現，每天90毫克的大豆異黃酮，可以有效增加骨質密度，因此 [[ 大豆異黃酮 ]] 與足夠的鈣質攝取，再加上適當的運動，對於更年期婦女的[[骨骼]]保健是相當重要的。

大豆異黃酮有保護心血管疾病的功效，因為大豆異黃酮可降低血管中壞的膽固醇、增加好的膽固醇，故可減少血脂肪沈積在血管壁，避免血管硬化阻塞，因此對心血管具有保護作用，可減少 [[ 冠狀動脈 ]] 疾病的發生。根據美國食品藥物管理局(food and drug administration，FDA) 對黃豆蛋白所做的健康宣稱指出：配合低飽和脂肪（每餐1公克以下）、低膽固醇（每餐20毫克以下）飲食，每天攝取25公克黃豆蛋白，可以降低罹患心血管疾病的危險。