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黑面琵鷺保護區位於曾文溪出海口的北岸，屬於七股新舊海堤內之縣有地，北以舊堤堤頂線上為界定，南至河川水道治理計畫用地範圍線以內（含水防道路），西為海堤區域線以內（含水防道路），東為東邊魚塭堤之天然界線往南至河川水道治理計畫用地範圍線，其中並包括含四號水門（原一號）、一號水門 （原二號）。

曾文溪發源自阿里山山脈，向西流經嘉義縣、台南市而由七股出海，流域面積約1176平方公里，幹流長度約138公里。自1823年起曾文溪幾次氾濫改道，滄海桑田，造就了許多海埔地，成為魚塭或鹽田。同時，河水挾帶砂石與生物碎屑在出海口的沉積，加上潮水的作用，蘊育了豐富的底棲與浮游生物資源，往往吸引了大批鷸鴴科候鳥在此棲息渡冬，其中包含了數量稀少、瀕臨絕種的黑面琵鷺。

由於曾文溪所帶下來的泥砂量日益減少，為了避免海岸線侵蝕，臺南縣政府委託省水利局興建七股海堤與七股河堤，工程至1987年完工。1989年，曾文溪口濕地曾被台南縣政府列為七股工業區預定地，經多年的規劃與爭取，才於2002年，由農委會公告劃定，將曾文溪出海口北岸約300公頃的黑面琵鷺主要棲息地，定為「黑面琵鷺保護區」，以保護濕地上的生態資源。劃為保護區後已禁止一切漁撈活動，包括養殖牡蠣、放置定置網與挖赤嘴竹蟶等之行為。唯當黑面琵鷺全數飛離後，每年夏天會開放一個月讓當地居民從事魚撈。

海淡水交會、由上游帶來營養鹽的曾文溪口，因底棲生物與浮游生物豐富，孕育了數百種魚蝦貝類。乾潮時候，可欣賞到不同族群的蟹類，包含台灣最大族群的特有種招潮蟹、角眼拜佛蟹、沙蟹、短趾和尚蟹、雷公蟳等；另外也常見日本酥豆蛤與水陸兩棲彈塗魚。正因生態資源豐富充裕，吸引了眾多鳥類在此覓食，曾文溪口濕地可說是亞洲東岸到澳洲的沿海候鳥遷徒中繼站。根據統計，在這裡過冬的候鳥、留鳥或過境鳥多達200多種，除黑面琵鷺之外，還有小白鷺等鷺科、雁鴨科、鷗科、鷸鳥科等，為數驚人。

曾文溪口同時也是台灣重要鰻苗產地，在潮汐交匯處產生許多浮游生物，成為鰻苗重要食料，因台江內海水質良好，浮沿岸漁撈、棚架養蚵及海水養殖都很興盛，隨著各式網撈還能採集到小塔織紋螺及雲紋榧螺等稀有貝類。

保護區的堤防土坡面植被茂盛，走訪堤岸邊或近海處，可見40~60種植物，例如老虎心、苦林盤與金武扇仙人掌等壯觀的群落，或者馬氏濱藜、裸花鰜蓬調節自身鹽分的植物，以及落葵、白花鬼針草、馬鞍藤、馬櫻丹等海濱植物，無不展現出強盛執著的生命力。

紅樹林能攔截泥沙、擴大溼地面積，是天然的與海爭地法，一旦土地固定下來，便能保護堤岸，阻擋堤岸受強風豪雨的侵襲。由於根部具有調節土壤的緩衝力，它還是有毒物質與重金屬的過濾器，和最天然的濾水系統；最重要的是它孕育了珍貴的溼地生態圈，讓魚蝦及大量潮間帶生物在此生生不息。

黑面琵鷺是鸛形目朱鷺科，是全球六種琵鷺之中，唯一瀕危、也是少數完全依賴東北亞棲地而生存的珍貴鳥種，全球總數約只剩下兩千隻。牠們的存在，就像是亞洲沿岸生態環境健康的指標。

另外，根據文獻記載，黑面琵鷺在台灣最早的記載可追溯到1863年；2007年冬天，約有1000隻黑面琵鷺來到台南市曾文溪口七股濕地度冬，使得七股濕地成為現今全世界最大之黑面琵鷺之棲息地，也是國際級的重要賞鳥景點與重要濕地。

黑面琵鷺、東方白鸛、諾氏鷸、遊隼及草鴞。

半蹼鷸、燕鴴、紅尾伯勞。砂岸指標鳥種東方環頸鴴，以及沼澤區的指標鳥種高蹺鴴等。

自曾文水庫興建後，曾文溪口海岸侵蝕日趨明顯，沙洲與海堤間的潟湖面積逐年減少。同時，七股工業區的開發壓力仍然威脅著本保護區，產生的污染若排放不當，也可能影響曾文溪河口生態體系。此外，雖早年非法獵殺水鳥的情況獲得改善，但假日賞鳥人潮仍不免帶來的垃圾、塞車及干擾。建議管理單位應持續監測附近魚塭的數量與品質，劃設台鹽鹽灘為保護區，為逐漸增加的黑面琵鷺族群做好棲地需求的準備。<ref>[https://wetland.e-info.org.tw/file/south/47 曾文溪口濕地]，曾文溪口濕地-臺灣濕地網</ref>

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