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随着教育改革的不断深入，青海省对全省高校进行结构布局的调整，青海大学图书馆从1997年、2001年、2004年先后三次大的院校整合，青海大学图书馆由总馆和三个分馆、两个科技信息所组成。即：医学院图书馆、青医附院图书馆、继续教育 <ref>[https://www.sohu.com/a/404919293_120722160 什么是继续教育？ ]，搜狐，2020-06-30</ref> 学院图书馆、农科院科技信息所和畜牧兽医科学院科技信息所。

1995年确定为农业部定点查新单位，并在1998年授予青海省农林业科技查新咨询中心。1997年成立了《中国学术期刊（光盘版）》文献检索 <ref>[https://www.sohu.com/a/233318788_100138206 史上最全的中外文献检索网站！]，搜狐，2018-05-29</ref> 一级站(现改名CNKI知识网络服务一级站).并且是青海唯一普通版、专家版和各专辑代理发行单位。 图书馆现有正式职工75人，其中具有高级技术职称25人，占全馆职工的33%；中级职称25人，占全馆人数的33%；大学本科以上学历36人，占全馆职工的48%；文检课教师12名，每年文献资源购置经费为50万元左右。校本部图书馆现由5个部（室）组成，办公室、流通部、科技信息部、采编部、技术部。