皇太極即位之后，针对努尔哈赤时期的社会矛盾进行了一系列改革，史称“[[天聪新政]]”。皇太极改文馆为内国史院、内秘书院、内弘文院，这是清朝[[内阁]]的雏形。还继续完善和扩大[[蒙古八旗]]、[[汉军八旗]]，设立[[理藩院]]管辖[[喀尔喀蒙古|蒙古]]等地事务。將都城[[瀋陽]]易名「盛京」，更改「女真」族名為「[[滿洲]]」，[[1636年]]在盛京称帝，改年号为[[崇德]]，國號為大清。當時明朝在關外的勢力尚有[[袁崇煥]]守備的[[錦州]]、[[寧遠]]與[[松山]]等三城。[[皇太極]]為繞道避開此防線，首先穩定根據地。他先脅迫明朝求和未果，隨後成功降伏西邊[[漠南蒙古|蒙古]][[察哈爾部]]和東邊[[朝鮮王朝|朝鮮]]。接著，皇太極經察哈爾繞道入侵明朝首都[[北京]]。最後[[崇禎帝]]中了[[反間計]]，殺害援救北京的袁崇煥，史稱[[己巳之變]]。這種藉由[[清兵入塞|繞道入侵]]的作法後來又執行五次，與明朝內部的[[流寇]]一同消耗明朝的經濟力。1642年，清軍於[[松錦之戰]]擊潰明軍並收降[[洪承疇]]等人，奪取明朝在關外的所有堡壘，防線移至[[山海關]]{{參考|1={{Cite book|author=談遷|title=《國榷‧卷第九十七》：「九塞之精銳，中國之糧芻，盡付一擲，竟莫能續御，而廟社以墟矣！」|pages=第5905頁}}}}。[[1643年]]皇太極病死，第九子福臨繼位，是為[[順治帝]]，由其叔[[多爾袞]]攝政{{參考|name=後金立國}}。
=== 入關一統 ===
{{see also|入關戰爭|反清復明|三藩之亂}}
{{multiple image
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| image1 = Dorgon, the Prince Rui (17th century).jpg
| alt1 = Colored dice with white background
| caption1 = 攝政王[[多爾袞]]像。
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| caption2 = 清軍入關與鞏固示意圖。
}}
明朝[[崇禎]]末年，民變勢力（史稱[[流寇]]）如[[李自成]]於[[陝西]][[西安]]建國[[大順 (政權)|大順]]，[[張獻忠]]於[[四川]][[成都]]建國[[大西]]。[[1644年]]李自成經[[河南]]、[[山西]]順利的攻入[[北京]]，[[明思宗]]在[[煤山]]上吊自殺，明亡。同年[[山海關]]守將[[吳三桂]]不願投降大順。面對李自成的順軍，吳三桂引清兵入關，於[[一片石戰役]]擊敗順軍。李自成放棄北京，率軍退回[[陝西]]。清朝攝政王[[多爾袞]]成功迎[[順治帝]]入關，並將首都遷到[[北京]]。同一時間，明朝[[馬士英]]擁護福王在明朝[[陪都]][[南京]]稱帝，即[[弘光帝]]，[[南明]]成立。然而弘光朝因為黨爭與宦官之亂而混亂分裂{{參考|1={{Cite book|author=史景遷|title=《追尋現代中國－最後的王朝》〈2 滿清的綏服〉|pages=第37頁}}}}。
多爾袞先派[[阿濟格]]、吳三桂與[[多鐸]]、[[孔有德]]分[[陝北]]、河南二路攻打陝西[[李自成]]，李自成最後於湖北滅亡；派豪格攻滅四川[[張獻忠]]，其餘部投降[[南明]]以抗清。多爾袞接著對付位於[[江南]]、內鬥分裂的南明諸勢力。[[1645年]]多鐸率清軍攻破[[史可法]]駐守的[[揚州]]，[[弘光帝]]逃至[[蕪湖]]被逮，送到北京殺害。明朝魯王[[朱以海]]與唐王[[隆武帝]]分別在浙江與福建建立勢力，然而雙方不和，不久被清軍各個擊破，擁護隆武帝的[[鄭芝龍]]也宣佈投降。之後桂王[[永曆帝]]於[[廣東]]的[[肇慶]]即位，期間[[瞿式耜]]、[[李定國]]、[[鄭成功]]及其他明將先後收復[[華南]]各省，最後因為距離互相難以照應，內部又發生叛變而節節敗退。[[1661年]]清軍攻入雲南，逃亡緬甸的[[永曆帝]]最後被吳三桂殺死（史稱[[咒水之難]]），南明亡。此時只剩下臺灣的[[明鄭]]（鄭成功勢力）和緬甸[[果敢]]的明軍，清朝基本佔領明朝全部領地{{參考|name=清朝基本佔領明朝全部領地|1={{Cite book|author=姜公韜|title=《中國通史 明清史》〈第五章 明清之際〉|pages=第87頁－第96頁}}}}。由於[[華南]]反清勢力較大，清帝冊封吳三桂、[[耿仲明]]與[[尚可喜]]為王以鎮守雲南、廣東與福建等地，史稱[[三藩]]{{NoteTag|最先封王的定南王[[孔有德]]死後沒有兒子，其爵位被廢。平西王[[吳三桂]]駐守[[昆明]]，勢力涵蓋[[雲南]]、[[貴州]]、部分[[湖南]]與[[四川]]地區。平南王[[尚可喜]]鎮守[[廣州]]，負責[[廣東]]與部分[[廣西]]地區，後由其子[[尚之信]]繼位。靖南王[[耿仲明]]據有[[福州]]，下轄[[福建]]一省，相繼由其子[[耿繼茂]]與孫[[耿精忠]]繼位。吳三桂、[[耿仲明]]與[[尚可喜]]等三王合稱[[三藩]]{{參考|1={{Cite book|author=史景遷|title=《追尋現代中國－最後的王朝》〈3 康熙政權的鞏固〉|pages=第51頁}}}}。}}。
[[多爾袞]]在入關後的政策讓漢人十分不滿，例如[[剃髮易服]]政策使江南漢人極力反抗，明朝官員[[左懋第]]言「我頭可斷、髮不可斷，我早辦一死矣。」{{參考|1={{Cite book|author=溫睿臨|title=《南疆逸史》卷九《左懋第傳》：懋第曰：「我頭可斷、髮不可斷，我早辦一死矣。」}}}}，最後清軍採取多次屠殺以鎮壓之，史稱[[甲申國難]]，有名的有[[揚州十日]]、[[嘉定三屠]]與[[廣州大屠殺]]等。清廷制定的[[圈地]]和[[投充]]政策使人民放棄土地，增加更多流民。為此又制定嚴禁奴僕逃亡的[[逃人法]]，激化京畿地區的民族矛盾。後來清廷下令停止這些政策，並實行獎勵墾荒、減免捐稅的政策。並且正式開科取士，追尊崇禎帝與明朝忠臣{{參考|name=清朝基本佔領明朝全部領地}}。
[[1661年]][[順治帝]]逝世，其子8歲的玄燁即位，即[[康熙帝]]，由[[索尼 (人物)|索尼]]、[[遏必隆]]、[[蘇克薩哈]]與[[鰲拜]]四大臣輔政。[[康熙帝]]於繼位之處即運用計謀消滅跋扈的權臣鰲拜以穩固皇權{{NoteTag|[[鰲拜]]在四大臣中地位最低，由於[[索尼]]年老多病，[[遏必隆]]生性庸懦，[[蘇克薩哈]]曾是攝政王[[多爾袞]]舊屬，為其它輔政大臣所惡，因此鰲拜才得以擅權。鰲拜結黨營私，日益驕橫，不顧[[康熙帝]]的意旨，先後殺死戶部尚書[[蘇納海]]、直隸總督[[朱昌祚]]、巡撫[[王登联]]與輔政大臣蘇克薩哈等政敵，引起朝野驚恐{{參考|name=清朝基本佔領明朝全部領地}}。}}。三藩勢力如[[吳三桂]]、[[耿精忠]]與[[尚之信]]等涵蓋全國之半，他們先後請求撤藩以試探清廷。當時部分大臣擔憂三藩叛變而反對{{NoteTag|朝中對於三藩的處置分成兩派，[[索額圖]]、[[圖海]]等以為三藩不可動，戶部尚書[[米思翰]]、兵部尚書[[納蘭明珠|明珠]]則贊成撤藩{{參考|name=清朝基本佔領明朝全部領地}}。}}，最後[[孝莊文皇后|孝莊太皇太后]]與康熙帝無懼三藩而同意撤除{{參考|1={{Cite book|title=《清聖祖實錄‧第42卷》：聖祖（康熙帝）曰：「三桂等蓄謀久，不早除之，將養癰成患。今日撤亦反，不撤亦反，不若先發。」}}}}。這使得三藩與陝西[[王輔臣]]、廣西[[孫延齡]]與台灣[[明鄭]]的[[鄭經]]聯合發動[[三藩之亂]]。在這九年期間，反清勢力遍及[[華中]]、[[華南]]，吳三桂更於後期稱帝建國周。然而清軍採取積極防禦，進軍[[陝西]]、[[江西]]以切割叛軍。加上吳三桂沒有積極北伐，反清聯軍因佔領地與吳三桂過度干涉而發生糾紛，最後王輔臣、耿繼忠與尚之信先後投降，佔領福建沿岸的鄭經被擊敗。[[1683年]]清軍攻入雲南，繼承吳三桂之位的[[吳世璠]]在昆明自殺，[[三藩之亂]]平定。同年，鄭經之子[[鄭克塽]]繼位，明鄭因內亂不断导致不少將領降清。清朝派明鄭降將[[施琅]]率領水師攻打臺灣。[[施琅]]佔領[[澎湖]]，逼近[[東寧]]（今[[台灣]][[台南]]），鄭克塽率領大臣降清，至此[[明鄭]]亡{{參考|name=清朝基本佔領明朝全部領地}}。
=== 擴張與改制 ===