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擔任中央研究院歷史語言研究所所長這段期間，於1995年到1998年間兼任國立編譯館（當時負責編印全國的中小學教科書）「國民中學認識臺灣（社會篇）教科書編審委員會」主任委員，負責主編和總訂正「認識臺灣（社會篇）」課程的教科書，部分人士對這本教科書的某些觀點不贊同，引起不小的風波（這套教材用於1997學年至2001學年間進入國中就讀者，後因實施九年一貫而不再使用。）在1997年，擔任國立編譯館「高級中學歷史教科書編審委員會」主任委員時，提出以「同心圓史觀」編寫中學歷史教科書的主張。