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1987年轉任中央研究院歷史語言研究所第四組（人類學組）主任，1993年卸任，期間曾主編《大陸雜誌》、《新史學》2份刊物，並於1989到1992年間兼任中華民國教育部學術審議委員會委員。1992年，他當選中央研究院第19屆院士，並由[[ 行政院國家科學委員會]] 資助到英國倫敦大學亞非學院（School of Oriental and African Studies）做一年訪問學人 。[[File:福舊宮 教育部部長杜正勝贈匾 20160715.jpg|thumb|right|220px|[[基隆市]][[中正區]][[福舊宮]]中時任[[教育部長]]的杜正勝所贈的"福德長昭"匾。]]1992年由台北[[允晨文化]]出版公司出版的《古代社會與國家》讓他回台後得到[[行政院新聞局]]1993年的[[金鼎獎]]，1994年到1995年兼任[[中華民國教育部]]顧問室的顧問，1995年4月起，出任中央研究院歷史語言研究所所長，直到2000年5月20日接任[[國立故宮博物院]]院長為止，於擔任故宮院長期間仍繼續兼任中研院的研究員。2004年5月20日，出任[[中華民國教育部]]長 。

1992年由台北允晨文化出版公司出版的《古代社會與國家》讓他回台後得到行政院新聞局1993年的金鼎獎，1994年到1995年兼任中華民國教育部顧問室的顧問，1995年4月起，出任中央研究院歷史語言研究所所長，直到2000年5月20日接任國立故宮博物院院長為止，於擔任故宮院長期間仍繼續兼任中研院的研究員。2004年5月20日，出任中華民國教育部長。 擔任中央研究院歷史語言研究所所長這段期間，於1995年到1998年間兼任[[ 國立編譯館]] （當時負責編印全國的中小學教科書）「國民中學[[ 認識臺灣]] （社會篇）教科書編審委員會」主任委員，負責主編和總訂正「認識臺灣（社會篇）」課程的教科書，部分人士對這本教科書的某些觀點不贊同，引起不小的風波（這套教材用於1997學年至2001學年間進入國中就讀者，後因實施九年一貫而不再使用。）在1997年，擔任國立編譯館「高級中學歷史教科書編審委員會」主任委員時，提出以「[[ 同心圓史觀]] 」編寫中學歷史教科書的主張。