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中村修二發明的雙流式MOCVD方法即通稱的[[404專利]] <!--{{link-ja|404專利|404特許}} --> 。中村赴美後，圍繞著專利與專利轉讓問題，中村與日亞化展開了一系列訴訟。<ref>[http://www.storm.mg/lifestyle/74974 風傳媒：「日本企業本質上就是將人類視為渣滓！」拿諾貝爾獎前，他在日本被視為罪人…]</ref>2004年1月30日，中村正式控告日亞化，要求補償發明的對價。一審法庭基於「中村的發明貢獻不小於一半」的判斷，判決日亞化需支付200億日圓。但[[東京高等法院]]最終在2005年1月11日做出「建議和解」的裁決，日亞化支付中村8億4000萬日圓，自此買斷中村在該公司的所有發明。當日，中村修二及其律師在記者會抨擊「日本司法制度很爛」<ref>{{lang|ja|この発言に対し、通常では和解内容は非公開であることが原則であるが、和解による結審において高裁裁判所の見解が別途述べられるという異例ずくめの控訴審となった。}}</ref>。