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銅門舊稱為「同門」（太魯閣語：Dowmung），乃太魯閣語中「山麓的平坦之地」<ref name="tipp"/><ref name="銅門番刀"/> 。大約在三百年前，原本居住在今天的[[南投縣|仁愛鄉]][[合作村]]附近的太魯閣族，翻越[[奇萊山]]、[[能高山]]，來到木瓜溪的河階地開墾，慕谷慕魚（太魯閣語：Mqmgi）即是來到此地開墾的家族<ref name="tipp"/> 。

1918年1月，日本人開鑿完成「初音奇萊橫斷道路」（今[[能高越嶺古道]]東段）<ref name="boch"/><ref name="panorama"/> 。因本地產[[銅]]，且為路的隘口，故取名「銅門」<ref name="銅門番刀"/> 。[[台灣日治時期|日治末期]]，日本人陸續在木瓜溪建立小型的水力發電廠，包括1939年建立「清水第一發電所」（今[[清水發電廠]]），1941年建立「清水第二發電所」，1941年的「初音發電所」，以及1943年的「銅門發電所」。

在[[國民政府]]接收台灣後，開始重建了銅門與清流等二座發電廠，並陸續興建龍澗、榕樹、[[東部發電廠水簾機組|水簾]]、龍溪等四座發電廠。此外，台電公司並接續[[台灣日治時期|日治時期]]的[[台灣總督府]]未竟之業，透過能高越嶺古道做為架設高壓輸電線的路徑，於1950年開始東西部電力運輸的供電路，自銅門村的[[龍澗發電廠]]向西輸送，翻越[[中央山脈]]及[[天長斷崖]]，再到[[南投縣]][[仁愛鄉]]親愛村的[[萬大發電廠]]，稱為[[東電西送]]，有「電力萬里長城」之稱<ref name="forest"/> 。

1990年6月23日，因[[1990年太平洋颱風季#颱風奧菲莉亞 (Ofelia)|中度颱風歐菲莉]]夾帶強風豪雨肆虐花蓮縣秀林鄉，降雨強度達每小時106毫米，對銅門村降下近八百公厘的雨量，使村內第十三鄰旁的小溪溝發生山洪暴發（今稱[[土石流]]），造成[[1990年銅門村土石流掩埋事件|全村有36名村民遭到活埋]]，並使房屋32棟全毀、11棟半毀<ref name="appledaily"/> 。臺灣自1996年引進「土石流」一詞後{{efn|name=注1|1990年銅門村滅村事件時媒體報導以「山洪暴發」作為事件發生原因<ref name="ncl"/> ，土石流一詞最初源自[[日語]]<ref name="陳宏宇"/> ，臺灣地區自1996年[[賀伯颱風]]侵襲[[南投縣]][[信義鄉 (台灣)|信義鄉]][[神木村]]後因災損嚴重，並且透過新聞媒體多次報導使國人對土石流及其造成的災害有了深刻認知才逐漸廣泛使用<ref name="morakotdatabase"/> 。}}，追溯到當時的歷史，銅門村被公認是第一個發生土石流災變的地方<ref name="ltn"/> 。1991年5月，53戶災民遷至5公里外的木瓜溪溪谷口的平地、位於[[吉安鄉]]干城村的博愛新村，成為台灣第一件受災遷村個案<ref name="appledaily"/> 。2007年10月10日，[[原住民族委員會]]在災難現址設立「受難族人紀念碑」<ref name="appledaily"/> 。

由於銅門村近年轉型觀光遊憩，部分村民轉做民宿、打鐵製刀、旅遊導覽，透過觀光挹注重新燃起部落活力，但觀光利益也吸引外地人覬覦介入，為了對抗外來勢力入侵，部落族人於2013年曾一度決議封山護溪<ref name="appledaily"/> 。但是為了主導觀光發展，銅門村內就成立有多個地方發展協會，且對發展方向與意見分歧，連秀林鄉公所、花蓮縣政府也難以插手，使得銅門村的未來、部落傳承正面臨挑戰與改變<ref name="appledaily"/> 。2013年12月23日，[[林務局]]花蓮林區管理處運送[[紅檜]]、[[台灣扁柏|扁柏]]等高價珍貴木材下山，族人事先未獲告知與諮詢，大表不滿，25日下午聚集近百人開始動員包圍、阻擋卡車加以攔截<ref name="e-info"/> 。2014年6月7日上午，銅門村民透過部落會議，為了拒絕銅門部落自然景觀過度觀光，決定封路，堅持遊客步行入山<ref name="e-info"/> 。