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公司近八年来连续位列中国医药流通业前五位；连续数年位列江苏省内同[[行业]]排名第一；2002年被江苏省列为全省医药行业唯一重点扶持的年销售规模达50亿元以上的“国家队”企业；获得“2006年度中国最佳投资者关系[[管理]]百强”上市企业称号和“2007年中国最佳投资者关系管理进步最快奖”。
公司在2011年中国500强企业中排名第212位，在2009年医药上市公司核心竞争力50强中排名第十位。公司是江苏、[[安徽]]、[[福建]]和新疆生产建设兵团药品器械储备定点单位以及解放军总后和海军药品器械储备定点单位；公司是国家级[[信息化]]和工业化融合示范企业、江苏省电子商务示范单位；被中国医药商业协会评为3A级企业信用等级；设有博士后科研工作站 <ref>[https://www.sohu.com/a/444455393_381004 企业设立博士后工作站有什么好处，能拿到政府奖金吗？ ]，搜狐，2021-01-14</ref> ；
公司是中国医药设备[[工程]]协会之发起单位，中国医保研究会常务理事单位，全国医保协会常务理事单位；ASHP（美国卫生系统药剂师学会）、UNPA（美国天然产品联盟协会）中国会员、[[马来西亚]]HDC（清真产业发展局） Halal认证中心中国唯一合作伙伴。
公司全面深化体制改革，健全完善现代企业产权制度，以提供健康产品与[[服务]]为使命，以资本扩张为手段，以企业[[文化]]建设为支撑，市场规模不断扩展。2009年，主营业务收入139.68亿元，净利润4624.15万元，利税总额2.28亿元，已成为跨地区、集团化、网络型企业，市场覆盖苏皖闽等地区及鲁豫川疆部分地区（企业在合肥、福州的子公司均为当地的龙头企业），服务46000多家客户，其中三级[[医院]]200家，二级医院近500家，年均复合增长率达到38%。连续位列中国医药流通业前五位；连续数年位列江苏省内同行业排名第一。
南京医药股份有限公司（以下简称公司）前身为[[南京市]]医药公司，1996年6月7日公司经中国证券监督管理委员会批准向社会公开发行人民币普通 股2股<ref>[https://www.sohu.com/a/330046368_120200351 什么是普通股？普通股的四大特点]，搜狐，2019-07-29</ref>2,076万股，并于同年7月1日在上海证券交易所挂牌交易。
2020年5月10日，“2020中国[[品牌]]500强”排行榜发布，南京医药排名第227位。