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<p style="text-indent: 30px; line-height:30px"> [[ 二二八事件 ]] 中，濫捕濫殺， [[ 柯遠芬 ]] 扮演重要角色。在2月28日事件爆發之初以「[[陰謀論]]」認定「奸偽已經混入群眾中，積極地在煽動」， 又急於建功，在[[綏靖]][[清鄉]]會議上曾說：「寧可枉殺九十九個，衹要殺死一個真的就可以」，並引用[[列寧]]的話說「對敵人寬大，就是對自己殘酷」，引起在場的[[白崇禧]]糾正「古人 說行一不義，殺一不辜而得天下者，不為。」白還沈痛地表示：「今後對於犯案人民要公開逮捕，公開審訊，公開法辦，若暗中逮捕處置，即不冤枉，也可被人民懷疑為冤枉。</p><p style="text-indent: 30px; line-height:30px">林木順在著作《 [[ 台灣二月革命 ]]] 》中指稱：「（3月9日）上午10時， [[ 柯遠芬 ]] 引導[[監察委員]]兼[[監察院]]特派臺灣監察使[[楊亮功]]到圓山 陸軍倉庫前面廣場，指遍倒在廣場上的數百具屍體說：這些就是昨晚進攻這個倉庫，被國軍擊斃的奸匪暴徒。楊亮功無言。後來楊亮功對他的跟隨人透露：倉庫附近並沒有戰鬥過的跡象，死者都 是十八、九歲的中學生，又沒有攜帶武器……這數百名十八、九歲的中學生，就是昨晚在市內各派出所維持治安，而機槍步槍齊響以前，被憲警、[[林頂立]]的『行動隊』和[[許德輝]]的『[[忠義 服務隊]]』所拘捕、押到圓山倉庫前面廣場，被國軍擊斃的。」但[[楊亮功]]與何漢文聯名提交「調查『二二八事件』報告」與「台灣善後辦法建議案」，報告中卻說：軍警死傷比台灣人嚴重， 外省人死五十七人、傷一三六四人、失蹤十人；本省人暴徒被擊斃四十三人、俘獲八十五人、自新者3,023人。</p><p style="text-indent: 30px; line-height:30px">在 [[ 二二八事件 ]] 時有多名 [[ 台灣 ]] 仕紳被 [[ 柯遠芬 ]] 拘禁，其家族往往需要透過政治力量以及用金錢來疏通，才能讓他們被釋放。板橋林家中，[[林宗賢]]與[[林衡道]]等人都曾被 [[ 柯遠芬 ]] 拘捕。</p><p style="text-indent: 30px; line-height:30px">[[劉闊才]]在 [[ 二二八事件 ]] 中於四月二日被逮捕，4月29日獲得釋放。中央研究院從史料中發現， [[ 劉闊才 ]] 的家人為保其性命，付出「保命錢」五 百萬台幣，四百萬用來贖劉闊才，另外一百萬台幣幫忙贖其他四人，而四百萬台幣中，有一百五十萬送給 [[ 柯遠芬 ]] 。當時情治人員曾針對此案調查，但全案呈報到國防部保密局 [[ 台灣 ]] 站站長[[林頂立]]後， [[ 林頂立 ]] 包庇 [[ 柯遠芬 ]] 。</p><p style="text-indent: 30px; line-height:30px">1947年4月17日，國防部長[[白崇禧]]上簽呈給[[蔣中正]]指稱「 [[ 柯遠芬 ]] 處事操切、濫用職權，對此次事變舉措尤多失當，且賦性剛愎、不知 悛改，擬請與以撤職處分，已示懲戒而平民忿。」（《 [[ 大溪檔案 ]] 》）。</p>