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在未来的几年内，农业部果蔬加工重点开放实验室在保持传统研究优势的基础上，将继续深入研究果蔬加工相关的基础理论问题，加强非热加工技术的杀菌钝酶机理、果蔬功能成分作用的分子机制、果蔬精深加工理论与技术研究、农产品质量安全控制理论与技术等方面的研究能力，力争使其建设成为具有一定国际影响力的学术平台和果蔬加工领域的应用基础研究基地，为提升我国果蔬加工学科的基础研究和理论水平做出更卓越的贡献。