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重庆市山区桥梁与隧道工程重点实验室依托重庆交通大学，实验室组建于1979年，1999年获批“结构工程交通部重点实验室”，2000年认定为重庆市重点实验室，2005年获批“桥梁结构工程交通行业重点实验室”，2010年经科技部、重庆市科委批准成立“重庆市山区桥梁与隧道工程重点实验室——省部共建国家重点实验室培育基地”。2014年，依托培育基地成立“山区桥隧长期性能与安全”交通运输行业协同创新平台。2019年3月，科技部、重庆市人民政府部市工作会商会议确定，科学技术部将重点支持建设重庆交通大学省部共建山区桥梁及隧道工程国家重点实验室，2019年7月，省部共建山区桥梁及隧道工程国家重点实验室建设运行方案通过了科技部组织的专家认证。