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研究所科技创新发展总体布局为长期聚焦“湖泊关键过程与多要素相互作用机理”和“湖泊-流域系统演变及对人类活动的响应与综合管理”两大基础科学问题研究；重点发展“物理湖泊与水文、湖泊生物与生态、湖泊沉积与环境演变、湖泊[[环境]]与工程、流域[[水文]]与资源环境、区域经济地理、遥感 <ref>[https://www.sohu.com/a/236713528_100175901 卫星遥感在气象中应用 ]，搜狐，2018-06-20 </ref> 与[[地理信息科学]]”七个学科方向；支撑“湖泊水环境治理与生态修复”和“区域可持续发展规划与评估”两大战略研究领域。

截至2014年底，研究所设有一个[[国家重点实验室]] <ref>[https://www.sohu.com/a/192527784_684875 拥有国家重点实验室才是真的牛！国家重点实验室数量排行榜出炉 ]，搜狐，2017-09-16</ref> ，一个中科院重点实验室；共有在职职工243人，包括研究员及正高级工程[[技术]]人员43人、副研究员及高级工程技术人员73人；共有在学研究生182人（其中硕士生73人、[[博士]]生109人）、在站[[博士后]]16人。