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中国科学院自然科学史研究所（the insititute for history of natural sciences, ChineseAcademy of Sciences）成立于1957年，是中国唯一的多学科和综合性的科技史专门研究机构，是世界三大科学技术史专门研究机构之一 [1] ，是国务院学位委员会确认的理学一级学科科学技术史学位授予点。 [2]
1957年1月，在中国科学院副院长竺可桢的倡议下，中国科学院自然科学史研究室成立，同年开始招收科学史硕士研究生；1975年，扩建成为研究所。1987年，培养出国内首位科学史博士研究生。迄今已培养博、硕士研究生300余名。2005年，成功主办第22届国际科学史 <ref>[https://www.sohu.com/a/331973524_100221400 聊一聊你不知道的科技史]，搜狐，2019-08-06</ref> 大会；2006年，进入中国科学院知识创新工程三期。 [2]
截至2020年8月，研究所设有三个研究室，1个科技史专业图书馆；有国际科学史研究院院士或通讯院士3人、国际欧亚科学院院士1人；有在编人员、项目聘用人员、在站博士后和访问学者等近百名，在学研究生近40名，具有高级专业技术职称者39人；主办有《自然科学史研究》、《中国科技史杂志》和《科学文化评论》三个核心期刊。 [2]
1978年，研究所将这些专业研究组合并为中国古代科学史研究室，并成立中国近现代科学史研究室。
1984年，撤销中国古代科学史研究室，成立中国科技通史、古代物理学化学史、古代生物学地学史、古代技术史、古代数学天文学 <ref>[https://www.sohu.com/a/232586351_523187 中国古代天文学受制于天人感应说] ，搜狐，2018-05-23</ref> 史5个研究室。
1998年，改变以往按学科史划分研究室的办法，将研究室调整为4个：中国古代科学史研究室、技术与应用科学史研究室、中国近现代与世界科学史研究室、科技史理论与综合研究室。