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教理院课程设置系统全面，学僧通过四年的学习能够对佛学基础及各宗派理论有一个框架性的认识。现开设有中国佛教史、印度佛教史、戒律、中观、唯识、天台、华严、禅宗、净土、因明、政治等课程。同时为了丰富学生知识，提高学生素质，还开设了古代汉语、中西方哲学史、普通心理、宗教社会学、形式逻辑、科技史、英语等辅助课程。
艺术院是以佛教绘画、书法、雕塑等艺术创作为主攻专业方向，同时配合佛教理论、传统文化 <ref>[https://www.sohu.com/a/406225984_120001972?_trans_=000018_mpcgame 中国的传统文化有哪些]，搜狐，2020-07-07</ref> 等课程。以分科教学为特色，构建起一套完备的传统与现代相结合的教学体系。设有中国人物绘画，中国山水绘画，中国花鸟绘画三个专业方向。师资力量雄厚，学科设置合理，教学环境与设施完备。其教学、创作、研究方向和探究成果，在我国佛教界具有前瞻性和示范性。
研究所负责我院的研究生教学及学术科研任务，目前下设唯识学研究室与日本佛教研究室。在学术领域，我院从2002年开始每年承办一次“吴越佛教研讨会”，至今已经出版了五期《吴越佛教》论文集，另外还举办了“国际因明学术会议”、“唯识学研讨会”。我院还主办有《唯识研究》、《因明》学术刊物。同时每年我院教师与学生都有一定数量的著作及论文出版及发表。
在硬件方面，在杭州市委、市政府的关心和高度重视下，由市佛教协会出资兴建了新校区，新校区四面环山，风景秀丽。从2007年开始规划筹建，于2010年完成一期工程，并已投入使用。新校区占地面积约200余亩，建筑面积9300多平米，共投入资金5000余万元。整体设计为“卍”字形， “卍”字是佛教的吉祥图案，称为吉祥海云，又称吉祥喜旋，表徵佛以无限的智慧与慈悲，尽未来际地救济十方无量众生。新校区设计以其特殊的内涵与魅力给师生们以精神和品格上的熏陶。
与时俱进是学院生存和发展的关键，在上级部门的领导下，杭州佛学院将充分利用良好的办学条件，在社会各界同仁的支持与帮助下，面向全球化与多元化的社会发展趋势，抓住机遇，迎接挑战，将杭州佛学院办成一所集僧伽教育、艺术教育 <ref>[https://www.sohu.com/a/442325090_120872734 艺术教育究竟有什么意义？]，搜狐，2021-01-04 </ref> 、讲经说法、学术研究、短期培训、对外交流等为一体的综合性佛学院，为我国佛教事业的健康发展做出贡献。
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