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而最早於十九世紀鑑定的學名 為{{lang|la|''Amentotaxus 為Amentotaxus argotaenia''}} ，並一直延用至1952年，在當時[[台灣大學]]植物系教授[[李惠林]]<ref>《[http://proj1.sinica.edu.tw/~hastwww/taiwandesrp4.html 台灣植物資源調查研究史]》 ，台灣：中央研究院。</ref>對本屬植物進行分類訂正時，發現過去鑑定有誤，本種應為台灣特有種，遂將其種名改 為{{lang|la|'' formosana''}} 為formosana 。而其屬 名{{lang|la|''Amentotaxus''}} 名Amentotaxus 其中“amento”係由[[英語]]（ament）或[[西班牙語]] （amento）轉變而來，意義為[[柔荑花序]]，而“taxus” 則表示為[[紅豆杉屬]]，因 此 {{lang|la|''Amentotaxus''}} 此Amentotaxus 代表本物種是類似於紅豆杉但有柔荑花序特徵之樹種<ref name=first />。

在[[植物]][[分類學]]上，穗花杉屬最早於1916年由[[德國]][[植物學家]][[羅柏特·皮爾格]]依 據{{lang|la|''Amentotaxus 據Amentotaxus argotaenia''}} 建立的，並以種的名義置於[[羅漢松屬]] （{{lang|la|''Podocarpus''}} （Podocarpus ）之下，後又被移至[[三尖杉屬]] （{{lang|la|''Cephalotaxus''}} （Cephalotaxus ）（或稱粗榧屬），之後獨立出來為穗花杉屬，1926年皮爾格根據雄株[[毬果]]的複合性將穗花杉屬與三尖杉屬一同併入{{link-en| 三尖杉科|Cephalotaxaceae}}（{{lang|la|''Cephalotaxaceae''}} （Cephalotaxaceae ），同科的還有[[台灣三尖杉|台灣粗榧]]、[[日本榧樹]]等，1931年，另一[[日本]]學者[[工藤祐舜]]觀察雌株毬果後認為它不應放在三尖杉科而應成立新科穗花杉科或是作為紅豆杉科的亞科或族，所以與另一日本植物學家[[山本由松]]一同建議成立穗花杉科，然而，另一日本植物學家[[小泉源一]]認為這是完全不必要的，他認為穗花杉屬與三尖杉屬仍有聯繫，因此主張將紅豆杉科與三尖杉科置於同一科內，將兩者降至亞科的地位<ref>王艇等（2001年）：《紅豆杉及相關類群rbcL基因PCR-RFLP分析》，載《植物學通報》第716~717頁，中國。</ref>。