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第三部分讲述了恩奇都梦见他因为杀死洪巴巴和天牛被众神惩罚，病重而死。吉尔伽美什面对友人的死亡悲痛欲绝，抱着恩奇都的尸体哭了七天七夜，直到尸体腐烂生虫才松手。之后吉尔伽美什花费数天为恩奇都举行国葬。知晓死亡恐怖的吉尔伽美什为了永生开始了艰难跋涉，向乌特纳比西丁（Utnapishtim）──大洪水唯一生还者和永生者探索生死奥秘。他趁着黑夜翻过通向太阳的马什山，不顾半蝎人帕比尔萨格的阻拦，在用尽了120根船桨以后终于渡过死亡之海来到目的地。乌特纳比西丁接待了他但并未直接解答生与死的疑问，而是让他经过6天7夜不睡觉的试炼。吉尔伽美什没有成功，但是由于乌特纳比西丁妻子善心，他去海底得到了永生之草，在归途中泡澡放松，但是草药的香气吸引了蛇，草药被蛇偷吃，蛇在此时完成了第一次蜕皮。最后空手返回了乌鲁克。傲慢的王终于理解了即使是最伟大的英雄也会有死亡到来的一天。

第四部分讲述了吉尔伽美什回到乌鲁克城后十分怀念亡友，祈求神的帮助让他们再见一次面。通过沙马什创造的生死通道吉尔伽美什见到了恩奇都并与之对话，恩奇都向他描述了死后世界的阴暗悲惨。