曹操平定荆州后被任命为营县长。 他能依法办事，不徇私情，善于断案，历任大理正、甘陵等郡太守、大司农、河南尹等。司马芝为人正直，不惧权势，连太皇太后卞氏的说情也不予通融，又能体贴下属，不谋私利，是魏国历任河南尹中最杰出的清正官员。
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