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生物性污染是指有害的病毒、[[细菌]]、真菌以及寄生虫污染食品。属于微生物的细菌、[[真菌]]是人的肉眼看不见的。细菌有许多种类，有些细菌如变形杆菌、黄色杆菌、肠杆菌可以直接污染动物性食品，也能通过工具、容器、洗涤水等途径污染动物性食品，使食品腐败变质。真菌的种类很多，有5万多种。最早为人类服务的霉菌，就是真菌的一种。现在，人们吃的[[腐乳]]、酱制品都离不开霉菌。但其中百余种菌株会产生毒素，毒性最强的是黄曲霉毒素。食品被这种毒素污染以后，会引起动物原发性肝癌。据调查，食物中黄曲霉素较高的地区，肝癌发病率比其他地区高几十倍。英国科学家认为，乳腺癌可能与[[黄曲霉毒素]] <ref>[https://www.sohu.com/a/320645866_120035775 【科普】解读黄曲霉毒素 ]，搜狐，2019-06-14 </ref> 有关。污染食品的寄生虫主要有蛔虫、绦虫、旋毛虫等，这些寄生虫一般都是通过病人、病畜的粪便污染水源、土壤，然后再使鱼类、[[水果]]、[[蔬菜]]受到污染，人吃了以后会引起寄生虫病。 　　

细菌对食品的污染通过以下几种途径：一是对食品原料的污染：食品原料品种多、来源广，细菌污染的程度因不同的品种和来源而异；二是对食品加工过程中的污染；三是在食品贮存、[[运输]]、销售中对食品造成的污染。食品的细菌污染指标主要有菌落总数、大肠菌群、致病菌等几种。常见的易污染食品的细菌有假单胞菌、微球菌和[[葡萄球菌]]、芽胞杆菌 <ref>[https://www.sohu.com/a/220581286_354587 芽孢杆菌详解及其作用效果 ]，搜狐，2018-02-02 </ref> 与芽胞梭菌、肠杆菌、弧菌和黄杆菌、嗜盐杆菌、乳杆菌等。