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图-124的生产持续至1965年，共生产了164架。尽管图-124的安全记录要略好过图-104，但作为图-104的后续机型，图-124的运营仍然受到图-104糟糕的安全记录的影响。1980年1月21日，苏联民航将其机队中最后12架图124退役，结束了图-124作为民航客机运营的历史。之后，图-124仍继续在一些军队中服役至20世纪90年代初期。其中，伊拉克空军的图-124在1990年的海湾战争中被摧毁。