2016年8月1日，配合 [[ 乌鲁木齐 ]] 铁路局调整列车运行图，Z40/41、Z42/39次列车改为乌鲁木齐站始发终到。

2019年4月10日，配合张家庄 [[ 隧道 ]] 整治，Z40/41、Z42/39次列车在 [[ 嘉峪关 ]] 至兰州西间由[[兰新客运专线]]改为经兰新线运行。