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广西北仑河口国家级自然保护区中中国红树林分布相对集中的地区之一，是海洋生物生殖洄游、候鸟迁徙、海洋动物觅食、繁殖和栖息的重要场所，对维护中越两国相邻海区的生态平衡和生物多样性有重要意义。北仑河位于保护区西端，是中国和越南的界河，历史上因不合理的开发利用使本区的原生红树林损失66%左右，导致北仑河主航道偏移和中国国土的流失。因此，保护区的建立不仅在保护生物多样性方面具有重要意义，而且对防目国土流失、保护领土和领海权益也具有非常重要的战略意义。

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