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儿科医院成立于1952年，由中山医院、红十字会第一医院两所医院的儿科与西门妇孺医院分院合并而成。医院创始之初即为上海医学院的教学医院，后随医学院更名及并入复旦大学，于2000年成为复旦大学的附属医院。儿科医院设立之初仅有儿内科，后增设新生儿病房、传染科、儿外科和心胸外科等科室，成为[[中国大陆]]最早对婴幼儿实施心脏手术的医院。医院于1995年获评三级甲等医院，儿科医疗水平在中国位居领先地位，在国际儿科学领域也产生一定影响。2008年，医院自徐汇区枫林路迁至闵行区万源路，原址仅保留部分门诊业务，现共有病床800张，年收治患者数超过225万人次。医院长期位居中国最佳医院排行榜综合医院排行榜前50位，小儿内科专科排名位居全国第一位 <ref>[https://www.sohu.com/a/218108293_156406 全国知名医院简介｜小儿内科：复旦大学附属儿科医院]，搜狐，2018-01-22</ref> ，小儿外科则在全国名列第二。医院治疗范围涵盖小儿内科、小儿外科、心血管科等各个专业，还拥有中国国家卫计委设置的“[[国家儿童医学中心]]”。

21世纪初，儿科医院在新生儿、[[传染病]]、小儿外科领域的治疗和研究已在中国和国际上颇有影响。2000年，医院还曾成功完成罕见的连体婴儿分离手术 <ref>[http://news.sohu.com/53/63/news204466353.shtml 一对连体男婴在上海复旦大学附属儿科医院成功分离]，搜狐，2002-11-20</ref> 。2008年时，儿科医院已经承担了上海全市40%以上儿科诊疗量。2008年2月，儿科医院开始迁至闵行区万源路399号的新院址，7月完成主体搬迁。同时枫林路原址仅保留部分门诊业务，作为医院的分部。两处院址每日收治患者4,700人左右。