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复旦大学附属儿科医院曾是中华人民共和国卫生部直属的唯一一家儿童专科医院，2009年起改为卫生部（今国家卫生和计划生育委员会）与上海市卫生局（今上海市卫生和计划生育委员会）共同建设管理，但其每年预算仍由国家卫生计生委统一管理。