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1990年春，[[中国 ]][[ 社会科学]]考古研究所安徽工作队对古台寺遗址再次进行调查。

1991年春，中国社会科学考古研究所安徽工作队对古台寺遗址再次进行[[考古]]发掘，此次发掘在遗址的东北部开5米×5米探方三个（T1—T3），在西南部开3米×7米探沟一个（T4），在探沟最下层发现了新石器早期文化遗存，并在T1大汶口文化地层中发现两座[[儿童]]瓮棺葬。