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[[馬英九]]政府內，台灣教授協會從體制內轉回體制外，重新回到街頭上，盡力扮演監督政府的角色，包括反對美牛進口、抗議國共密會協商，拒絕ECFA等等，且舉辦許多活動，以確保臺灣主權，重申臺灣價值的重要性。<br>
2008年10月25日，由民進黨主辦，臺灣團結聯盟及多個臺灣本土派民間社團協力籌辦「1025反黑心顧臺灣大遊行」。主要訴求是對馬英九政府在兩岸事務上快速「親中」、且對於全球金融風暴及2008年中國毒奶粉事件等方面應變不力的質疑與不滿，以及中國[[海協會]]會長[[陳雲林]]即將來台舉行兩會會談。協會由[[蔡丁貴]]、[[劉重義]]教授帶隊參與「反一中教育大隊」，[[劉重義]]教授表示，中國很多假學歷可用金錢買到，但又無法認定，將影響台灣整體教育品質，降低了學生的素質，也將影響社會的道德價值。2009年5月17日，[[馬英九]]就任一週年的前夕，協會與民進黨及許多本土社團發動「517嗆馬保臺大遊行」，其主要訴求是「保臺灣，ECFA要公投」、「顧主權，唾棄賣臺權貴」、「救失業，反對無能政府」、以及「護弱勢，反對一中市場」，由協會前會長蔡丁貴帶領「獨立、建國、挺扁」大隊。2012年總統馬英九上任第二任期的前夕，民進黨、台灣團結聯盟以及本土社團於5月19日以及5月20日馬英九總統連任就職日發動嗆馬踹共大遊行，遊行的訴求是反對馬英九傾中賣台政策、反對油電雙漲、反對瘦肉精美牛等…台灣教授協會亦參與此次遊行。
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==蔡英文政府==
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2016年政黨再度輪替後，協會依舊扮演監督的角色，希望給立場相近的蔡英文總統一定的支持，做為推動社會向前的力量。在「同婚」和「勞動法修惡」這兩點上，協會於2016年12月2日發表「揚棄婚姻平權、丟了政治誠信[15]」，聲明表示：婚姻平權承諾的是全體國民的平等權利，我們必須殫精竭慮窮盡法律的可能達致這個理想，而非被現有法律圈限認知與想像，這才是文明的進展，也是政治存在的意義，實踐的過程也將成為我們共同體的歷史。作為領導者，當選之後必須負起闡明價值與排除障礙的責任。 然蔡總統卻讓此選前承諾，再次成為「開放選項」不僅沒負起實現政見的責任，且任由特定群體散播恐懼言詞，挑起社會恐慌，致大眾意見分歧越深，終致分裂為不能對話的雙方。如此導致的「無共識」的現象，不能作為違背承諾的藉口。譴責蔡英文總統對於同志婚姻議題的逃避。
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