[[ 馬英九 ]] 政府內，台灣教授協會從體制內轉回體制外，重新回到街頭上，盡力扮演監督政府的角色，包括反對美牛進口、抗議國共密會協商，拒絕ECFA等等，且舉辦許多活動，以確保臺灣主權，重申臺灣價值的重要性。<br>首先是2008 2008 年10月25日，由民進黨主辦，臺灣團結聯盟及多個臺灣本土派民間社團協力籌辦「1025反黑心顧臺灣大遊行」。主要訴求是對馬英九政府在兩岸事務上快速「親中」、且對於全球金融風暴及2008年中國毒奶粉事件等方面應變不力的質疑與不滿，以及中國 [[ 海協會 ]] 會長 [[ 陳雲林 ]] 即將來台舉行兩會會談。協會由 [[ 蔡丁貴 ]] 、 [[ 劉重義 ]] 教授帶隊參與「反一中教育大隊」， [[ 劉重義 ]] 教授表示，中國很多假學歷可用金錢買到，但又無法認定，將影響台灣整體教育品質，降低了學生的素質，也將影響社會的道德價值。2009年5月17日， [[ 馬英九 ]] 就任一週年的前夕，協會與民進黨及許多本土社團發動「517嗆馬保臺大遊行」，其主要訴求是「保臺灣，ECFA要公投」、「顧主權，唾棄賣臺權貴」、「救失業，反對無能政府」、以及「護弱勢，反對一中市場」，由協會前會長蔡丁貴帶領「獨立、建國、挺扁」大隊。2012年總統馬英九上任第二任期的前夕，民進黨、台灣團結聯盟以及本土社團於5月19日以及5月20日馬英九總統連任就職日發動嗆馬踹共大遊行[3] ，遊行的訴求是反對馬英九傾中賣台政策、反對油電雙漲、反對瘦肉精美牛等 ， … 台灣教授協會亦參與此次遊行。