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==創辦燕京大學 並任首位校長==[[File:1928年前後,燕京大學新校園正門(西校門，校友門).jpg|thumb|frame|left|230px|1928年前後,燕京大學新校園正門(西校門，校友門)<br/>[https://loongese.com/blog/yanching 原圖鏈結][https://loongese.com/blog/wp-content/uploads/2016/09/yanching-768x524.jpg 來源出處龍易大觀]]][[File:燕京大學.jpg|thumb|frame|left|230px|燕京大學<br/>[http://culture.people.com.cn/n/2015/0120/c22219-26416626.html 原圖鏈結][http://www.people.com.cn/mediafile/pic/20150120/13/4621273316611970153.jpg 來源出處人民網]]]

1919年, 42歲的司徒雷登被邀在[[北京]]創辦了一所聯合大學，他以[[戰國時期]][[燕國]]的首都為學校命名，稱為燕京大學 (Yenching University) 。他更以聖經中的一句話「因真理 得自由 以服務」（Freedom through Truth for Service）作為校訓，希望在校的學生能以神的信仰為中心，在人生的過程中不斷追尋真理、自由，才得以為他人服務。

建校初期學生不到100人，校舍僅有二間，他說服山西督軍[[陳樹藩]]以極低的價格將一大塊地賣給學校擴建校舍。至1924年，陸續從美國各界募集到了250萬美元的捐款，他以中國的古典園林建築的樣式為建校藍本, 又聘請海內外一流的學者任教 。 , 前後用了十多年的時間，燕京大學成了世界知名大學之一。

建校初期, 爆發[[五四運動]]，燕京大學有不少學生參與運動，然而他認為這運動本質上不理性, 所以他不阻止也不鼓勵學生參與。不久後發生 [[ 九一八事變 ]] ，面對日軍侵華，他支持學生抗日，甚至曾帶領學生上街遊行。<ref>{{Cite Web|url=https://kknews.cc/history/ljoze99.html|title=一生都摯愛中國的美國駐華大使──司徒雷登|date=2019-09-28|website=每日頭條|accessdate=2020-06-07}}</ref>

[[ 抗日戰爭 ]] 爆發後，日軍佔領了整個華北。 [[ 日本 ]] 要求把日本教授納入教務委員會，並 要 接受日本政府的津貼, 但是司徒雷登拒絕了日方要求。作為淪陷區唯一一所不被日本統治的大學， 「燕大一日存在，華北一日不亡」的信念，使一批批優秀學子報考燕大 。抗戰關頭，一些大學生選擇去抗日大後方，而司徒雷登用了自己所有的關係，甚至用自己的汽車把他們送出日本佔領區。每當有學生離開前，他總要在臨湖軒為他們送行，並且勉勵大家無論是到重慶還是到延安，都要加強合作共同抗日。而此時，司徒雷登把燕大校訓改為「因自由，得真理，以服務。」1941年底，太平洋戰爭爆發以後，燕大被解散，司徒雷登被軟禁三年零八個月 。