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[[台灣師範大學]]師資招聘驚爆黑箱作業，人事招聘未公開前，校長吳正己竟要求各系所在員額需求審核時先提「擬聘參考人選」名單，知情人士爆料，一旦擬聘對象非校長屬意人選，員額需求就會被否決，已故立委[[盧修一]]和公廣集團董事長[[陳郁秀]]的女兒[[盧佳君]]就是受害者之一。離譜的是，擬聘人選若是校長的口袋名單，接下來對外公開徵聘流程全淪為騙局，2年來不知有多少博士應徵，卻不知自己只是陪榜者。

臺灣師範大學的校舍位於北市大安區黃金地段，建地176坪，土地市值就逾2億元，2008年興建3層樓建築時斥資8000多萬元，引發外界批評，校方事後決議將其改成綜合空間，開放給全校師生使用，時任校長郭義雄只留樓頂一間小房間作為休息室，後來接任的校長張國恩也沿用此規劃。沒想到吳正己2018年上任後，竟要求總務單位清空建物內所有進駐單位和人員，接著找來豪宅設計師大肆翻修，地下室還新增兵乓球室、KTV等娛樂設備，攜妻入住，不僅逾越首長官舍上限24坪的規定，還占用原供師生使用的空間，引發師生反感。<ref>[https://tw.news.yahoo.com/%E5%85%A8%E6%96%87-%E5%B8%AB%E5%A4%A7%E7%88%86%E5%B8%AB%E8%B3%87%E6%8B%9B%E8%81%98%E9%BB%91%E7%AE%B1-%E6%A0%A1%E9%95%B7%E7%8D%A8%E4%BA%AB%E4%B8%8A%E5%84%84%E8%B1%AA%E8%8F%AF%E6%A0%A1%E8%88%8D%E6%83%B9%E8%AD%B0-225859915.html 師大爆師資招聘黑箱 校長獨享上億豪華校舍惹議,鏡週刊]</ref>