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一些负责安排偷渡的犯罪份子（蛇头）也曾利用集装箱在世界各地周转的特点来犯罪和牟利，他们组织偷渡者（人蛇）躲藏在集装箱里，待集装箱到达目的地时设法安排偷渡犯离开集装箱和船舶，达到偷渡的目的。这是一种极大的冒险，不少偷渡者曾因食物、空气、环境、疾病等问题而死于运送中的集装箱中，这由于集装箱内的空气不流通，偷渡者又只能在狭窄的环境内排泄和进食，不少人在期间发病而互相传染，卫生环境亦因此不理想。其中发生过多次被揭发的惨剧，包括2000年6月被传媒大幅报导的多佛港事件——在一卡车集装箱中发现了58具中国籍偷渡客的尸体，当时生还者只余两人，舆论一片哗然。这些偷渡事件给集装箱运输公司造成相当大的危害，受到世界各地的反制。2019年11月类似的情况再次发生在英国。