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明萬曆四十年九月二十四日（1612年10月18日），沈光文生於浙江鄞縣，崇禎三年（1630年）參加鄉試，中副榜。崇禎九年（1636年），以明經貢太學，入北京國子監，後轉南京國子監。<ref name="a1">[1劉昭仁，《海東文獻初祖沈光文》（臺北市：秀威資訊科技，2006），頁30。]</ref>

崇禎十七年（1644年），李自成大軍攻入北京，4月25日崇禎帝自縊，明朝滅亡。沈光文隨黃宗羲避歸浙東。弘光元年（1645年），沈光文參預瀝錢家軍，魯王朱以海授為太常博士。1646年沈光文參預畫江之師。<ref name="a2">[2龔顯宗編著. 《沈光文全集及其研究資料增編：紀念沈光文誕辰400年》. 臺南市: 南市文化局. 2012.]:41-455 </ref>5 月到6月，清軍攻破浙江、福建一帶，魯王撤退至舟山群島一帶，由於舟山守將拒絕接納進駐，跟隨魯王的人士在舟山附近海上漂流數月。1646年9月，控制廈門的鄭聯與鄭彩勢力接魯王到廈門。1648年清軍打下廈門，魯王移駐浙江，沈光文暫時脫離魯王南至廣東。 1651年2月，清軍破廈門及舟山，魯王的人馬避到金門，沈光文前往金門會合。不久，廈門與金門成為鄭成功的勢力範圍，魯王等人就滯留金門，但鄭成功惡遇魯王，以致沈光文等人生活窮困。<ref name="a3">[3翁佳音. 〈史實與詩：明末清初流寓文人沈光文的虛與實〉《文史臺灣學報》第７期. 2013年12月.]:21-23</ref>

1661年，鄭成功率軍攻佔台灣，鄭成功的人馬也由金門移到台灣。1662年6月鄭成功過世，鄭氏王朝陷入王位繼承爭奪，鄭成功許多留在金門的將領紛紛向清國投降，沈光文在當年農曆7月，帶家眷買船要到福州時，遭遇颱風被帶到台灣。沈光文到台灣後短暫住在府城街上，不久就移至目加溜灣，也就是現在的善化居住。[3]<ref name="a3"></ref>:23-31晚年沈光文組織「東吟詩社」，定居於目加溜灣社（今臺南市善化區）時，對當地原住民做出了一些醫療、文教方面的貢獻。

由於各式文獻記載長期混亂，對沈氏來台時間的研究有1649、1651、1656、1662年等多種說法。官方則多偏向認為沈氏比鄭成功還要早到台灣，譬如2015年11月2日，台南市善化區區長仍然說：「沈光文於明永曆5年（1651年）來台，從事教化庶民的志業，努力提升文化工作，教育不分貴賤、漢番，有教無類，被喻為『台灣孔子』，市政府也以『開台文化祖師』尊稱。」<ref name="a4">[4〈台灣孔子沈光文誕辰 賴清德祈願獨占鰲頭〉 http://news.ltn.com.tw/news/local/paper/928943] </ref>

最早的沈光文傳記是1685年（康熙24年）出版的季麒光著《蓉洲文稿》，書中的〈沈光文傳〉記載：「……辛卯（1651）年，從肇慶至潮州，由海道抵金門；督院李公聞其名，遣員致書幣邀之，斯菴不就。七月，挈其眷買舟欲入泉州；過圍頭洋，遇颶風，飄泊至臺。……」 [3]<ref name="a3"></ref>:18

1724年（雍正2年）出版的黃叔璥著《臺海使槎錄》，書中的〈沈文開傳〉記載：「……辛卯（1651）年，從肇慶至潮州，由海道抵金門；當事書幣邀之，不就。七月挈眷買舟赴泉；過圍頭洋，遇颶風，飄泊至臺。……」 [2]<ref name="a2"></ref>:34

1745年（乾隆10年）沈光文同鄉全祖望的《鮚埼亭集》出版，書中的〈沈太僕傳〉記載：「……辛卯（1651）由潮陽航海至金門。閩督李率泰方招來故國遺臣，密遣使以書幣招之。公焚其書，返其幣。時粵事不可支。公遂留閩，思卜居於泉之海口。挈家浮舟，過圍頭洋口，颶風大作，舟人失維，飄泊至臺灣。時鄭成功尚未至，而臺灣爲荷蘭所據。……」[2]<ref name="a2"></ref>:36

直到1984年，中國廈門大學重新點校出版蔣毓英纂修的臺灣第一本志書《臺灣府志》，書中有關沈光文的記載，基本上依季麒光之文。由文章可知，最早記載沈光文的《蓉洲文稿》〈沈光文傳〉在付梓時漏印「壬寅」（即1662年）二字。<ref name="a5">[5蔣毓英纂修，臺灣史料集成編輯委員會編輯. 《臺灣府志》. 臺北市: 文建會. 2004.]</ref>:111-114

1689年（康熙28年）出版，蔣毓英纂修的《臺灣府志》，書中〈沈光文列傳〉有關沈氏的記載：「……辛卯（1651）年，從肇慶至潮州，由海道抵金門。壬寅（1662），八閩總制李公率泰聞其名，遣員致書幣邀之，斯菴不就。七月，挈其眷買舟欲入泉州；過圍頭洋，遇颶風，飄泊至臺，不能返棹，遂寓居焉。……」 [5]<ref name="a5"></ref>:254