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西域都护一职初设于公元前60年（汉宣帝神爵二年），都护府设在乌垒国都城（今新疆巴音郭楞蒙古自治州轮台策大雅南），西域都护设置后，结束了匈奴在西域长达百余年的支配与影响，将天山南部第一次置于中央朝廷的势力范围之下，郑吉被任命为首位都护。除了保护塔里木盆地和吐鲁番盆地的西域诸城各小国，都护也有“督察乌孙、康居诸外国”的责任，但这些外部的西域诸国不属汉朝势力范围内，《汉书·西域传》将这些诸外国列入监护名单外。[9][10][11] 郑吉之后，西汉时代担任西域都护职位的共有18位；已知姓名的共有10位。公元10年，新朝王莽与匈奴断绝关系后，匈奴大举攻入西域；公元13年焉耆王起兵斩杀由西汉任命的西域都护但钦，于是“西域亦瓦解”，新朝势力退出西域；公元16年，王莽以李崇为西域都护讨伐焉耆失败，李崇还保龟兹国；公元23年王莽死后“（李）崇遂没，西域因绝”。

西域都护的废置和匈奴的兴衰有一定关系；西域都护第一次废置是在公元10年，当时匈奴与新朝关系破裂，匈奴大击北边，而西域亦瓦解；焉耆国因离匈奴近，先反，杀西域都护。新朝西域都护被自己属国所杀后，匈奴遂重新占领西域，此后，匈奴在西域征收重税，而西域诸国“苦匈奴重敛”。[12][16] 第二次废置也是最后一次废置在公元107年，东汉虽成功镇压并保有龟兹国，但因西域政治的不稳定而最终废置西域都护，北匈奴收复西域。