麝雉的[[種系發生學]]關係非常神秘。現時並沒有最適合的[[演化]]假說，而在[[DNA序列]]數據下使得情況更差。
有關麝雉及其他[[鳥類]]的關係被受爭議。由於關係疏遠，故它們有自己的[[科]]及[[亞目]]。在不同時間，它們與[[䳍形目]]、[[雞形目]]、[[秧雞科]]、[[鴇]]、[[叫鶴科]]、[[沙雞科]]、[[鳩鴿科]]、[[蕉鵑]]、其他[[鵑形目]]及[[鼠鳥目]]有關。<ref name=thomas /> 綜合而言，它們經常被指與雞形目、蕉鵑或[[犀鵑科]]有關。
===爭議歷史===