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已確定的麝雉[[化石]]紀錄是一個顱後骨，編號UCMP42823。<ref name=Miller1953>{{Cite journal|author=Miller, Alden H.|year=1953|title=A fossil Hoatzin from the Miocene of Colombia|journal=Auk|volume=70|issue=4|pages=484-95|url=http://elibrary.unm.edu/sora/Auk/v070n04/p0484-p0489.pdf|access-date=2010-09-20|archive-url=https://web.archive.org/web/20110606172337/http://elibrary.unm.edu/sora/Auk/v070n04/p0484-p0489.pdf|archive-date=2011-06-06|dead-url=yes}}</ref>這個化石源自於[[中新世]]，是在[[哥倫比亞]][[馬格達萊納河谷]]發現。雖然它被分類到另一屬''Hoazinoides''中，但很明顯同屬於[[麝雉科]]之下。這個顱骨較現今麝雉的圓及短小。發現此顱骨的時候盛行將此屬與[[雞形目]]拉上關係<ref name=Miller1953/> ，但現卻被受爭議。''Hoazinoides''有可能是[[演化]]的分支點。<ref name=Miller1953/>[[法國]]發現屬於[[始新世]]晚期或[[漸新世]]早期的''Filholornis''有可能是麝雉及其他雞形目之間的中間生物。<ref name=thomas/> 不過，雖然分析了多個資料，但仍未能確定麝雉的遠親。麝雉目的成立正好反映了這些不明朗的地方。